Imaging rRNA Methylation in Bacteria by MR-FISH.
Imaging rRNA Methylation in Bacteria by MR-FISH.
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DOI：
10.1007/978-1-4939-9674-2_7
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发表时间：
2019
影响因子：
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通讯作者：
Kristina A. Ganzinger;M. R. Challand;J. Spencer;D. Klenerman;Rohan T. Ranasinghe
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Kristina A. Ganzinger;M. R. Challand;J. Spencer;D. Klenerman;Rohan T. Ranasinghe
RNA的甲基化通常在纯化细胞裂解物中监测，使用下一代测序，凝胶电泳或质谱作为读数。这些批量方法需要将约104至107个细胞的RNA汇集在一起，以产生足够的分析材料。在这里，我们描述了一种方法-甲基化敏感RNA原位杂交（MR-FISH），该方法使用甲基化敏感杂交探针和荧光显微镜在细胞-细胞的基础上分析细菌中的rRNA甲基化。我们概述一步一步的协议设计探针，原位杂交，并使用免费提供的代码分析数据。
Methylation of RNA is normally monitored in purified cell lysates using next-generation sequencing, gel electrophoresis, or mass spectrometry as readouts. These bulk methods require the RNA from ~104to 107cells to be pooled to generate sufficient material for analysis. Here we describe a method—methylation-sensitive RNA in situ hybridization (MR-FISH)—that assays rRNA methylation in bacteria on a cell-by-cell basis, using methylation-sensitive hybridization probes and fluorescence microscopy. We outline step-by-step protocols for designing probes, in situ hybridization, and analysis of data using freely available code.