Simulation of biological ion channels with technology computer-aided design
Simulation of biological ion channels with technology computer-aided design
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利用计算机辅助设计技术模拟生物离子通道
DOI：
10.1016/j.cmpb.2006.08.007
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发表时间：
2007
影响因子：
6.1
通讯作者：
White, Marvin H.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pandey, Santosh;Bortei-Doku, Akwete;White, Marvin H.
真实离子通道结构的计算机模拟一直是具有挑战性的，并且是严格研究的主题。基于连续体静电学的模拟已被证明在预测通道的行为方面计算便宜且相当准确。在本文中，我们讨论了使用器件模拟器，SILVACO，建立一个固态模型KcsA通道，并研究其稳态响应。SILVACO是一个成熟的程序，通常被电气工程师用来模拟固态器件的工艺流程和电气特性。通过采用这种模拟程序，我们已经提出了一种替代的计算平台进行离子通道模拟，除了已知的方法编写代码的编程语言。随着不同的参数在通道的前庭和能力，将表面电荷的容易，我们已经显示了广泛的可能性，使用设备模拟器的离子通道模拟。模拟结果与实验数据吻合较好，验证了模型的正确性.
Computer simulations of realistic ion channel structures have always been challenging and a subject of rigorous study. Simulations based on continuum electrostatics have proven to be computationally cheap and reasonably accurate in predicting a channel's behavior. In this paper we discuss the use of a device simulator, SILVACO, to build a solid-state model for KcsA channel and study its steady-state response. SILVACO is a well-established program, typically used by electrical engineers to simulate the process flow and electrical characteristics of solid-state devices. By employing this simulation program, we have presented an alternative computing platform for performing ion channel simulations, besides the known methods of writing codes in programming languages. With the ease of varying the different parameters in the channel's vestibule and the ability of incorporating surface charges, we have shown the wide-ranging possibilities of using a device simulator for ion channel simulations. Our simulated results closely agree with the experimental data, validating our model.
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DOI：
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发表时间：
2004
期刊：
影响因子：
--
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通讯作者：
S. Varma
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3.4
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通讯作者：
Chung, SH
影响因子：
3.4
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DOI：
--
发表时间：
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作者：
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发表时间：
2004
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