A systematic survey of loss-of-function variants in human protein-coding genes.
A systematic survey of loss-of-function variants in human protein-coding genes.
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DOI：
10.1126/science.1215040
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发表时间：
2012-02-17
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tyler-Smith C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
MacArthur DG;Balasubramanian S;Frankish A;Huang N;Morris J;Walter K;Jostins L;Habegger L;Pickrell JK;Montgomery SB;Albers CA;Zhang ZD;Conrad DF;Lunter G;Zheng H;Ayub Q;DePristo MA;Banks E;Hu M;Handsaker RE;Rosenfeld JA;Fromer M;Jin M;Mu XJ;Khurana E;Ye K;Kay M;Saunders GI;Suner MM;Hunt T;Barnes IH;Amid C;Carvalho-Silva DR;Bignell AH;Snow C;Yngvadottir B;Bumpstead S;Cooper DN;Xue Y;Romero IG;1000 Genomes Project Consortium;Wang J;Li Y;Gibbs RA;McCarroll SA;Dermitzakis ET;Pritchard JK;Barrett JC;Harrow J;Hurles ME;Gerstein MB;Tyler-Smith C
基因组测序研究表明，所有人类都携带许多被预测会导致蛋白质编码基因功能丧失（LOF）的遗传变异，这表明人类基因组中意外的冗余。在这里，我们将严格的过滤器应用于从185个人基因组中获得的2,951个推定的LOF变体，以确定其真正的患病率和特性。我们估计，人类基因组通常包含约100种完全灭活的基因的真实LOF变体。我们确定了罕见且可能有害的LOF等位基因，包括26个已知和21种预测的引起疾病的变体，以及非必需基因中的常见LOF变体。我们描述了易耐受性和隐性疾病基因之间的功能和进化差异，以及一种使用这些差异来确定临床测序研究中发现的候选基因的方法。
Genome sequencing studies indicate that all humans carry many genetic variants predicted to cause loss of function (LoF) of protein-coding genes, suggesting unexpected redundancy in the human genome. Here we apply stringent filters to 2,951 putative LoF variants obtained from 185 human genomes to determine their true prevalence and properties. We estimate that human genomes typically contain ~100 genuine LoF variants with ~20 genes completely inactivated. We identify rare and likely deleterious LoF alleles, including 26 known and 21 predicted severe disease-causing variants, as well as common LoF variants in non-essential genes. We describe functional and evolutionary differences between LoF-tolerant and recessive disease genes, and a method for using these differences to prioritize candidate genes found in clinical sequencing studies.
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影响因子：
12.3
作者：
Zhang ZD;Frankish A;Hunt T;Harrow J;Gerstein M
通讯作者：
Gerstein M
影响因子：
4.5
作者：
Pelak K;Shianna KV;Ge D;Maia JM;Zhu M;Smith JP;Cirulli ET;Fellay J;Dickson SP;Gumbs CE;Heinzen EL;Need AC;Ruzzo EK;Singh A;Campbell CR;Hong LK;Lornsen KA;McKenzie AM;Sobreira NL;Hoover-Fong JE;Milner JD;Ottman R;Haynes BF;Goedert JJ;Goldstein DB
通讯作者：
Goldstein DB
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7
作者：
Casola, Claudio;Zekonyte, Ugne;Hahn, Matthew W.
通讯作者：
Hahn, Matthew W.
使用下一代 DNA 测序数据进行变异发现和基因分型的框架。
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作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.5
作者：
Ng, Pauline C.;Levy, Samuel;Huang, Jiaqi;Stockwell, Timothy B.;Walenz, Brian P.;Li, Kelvin;Axelrod, Nelson;Busam, Dana A.;Strausberg, Robert L.;Venter, J. Craig
通讯作者：
Venter, J. Craig