Error removal in microchip-synthesized DNA using immobilized MutS.
Error removal in microchip-synthesized DNA using immobilized MutS.
复制标题
使用固定化 MutS 消除微芯片合成 DNA 中的错误。
DOI：
10.1093/nar/gku405
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发表时间：
2014-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Hong J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wan W;Li L;Xu Q;Wang Z;Yao Y;Wang R;Zhang J;Liu H;Gao X;Hong J
使用微芯片合成的寡核苷酸的经济的从头基因合成方法的发展受到其高错误率的限制。在这项研究中，低成本，有效的和改进的吞吐量（高达32寡核苷酸每次运行）的错误去除方法，使用含有错配结合蛋白MutS的固定化纤维素柱产生高质量的DNA从寡核苷酸，特别是微芯片合成的寡核苷酸。将初始材料中的含错误DNA特异性地保留在MutS固定化纤维素柱（MICC）上，并收集测序仪中的错误消除的DNA用于下游基因组装。显著地，该方法将合成的增强型绿色荧光蛋白（720 bp）克隆的群体从0.93%提高到83.22%，对应于合成基因的错误频率从11.44/kb降低到0.46/kb。此外，还在从893个寡核苷酸组装11个编码约21 kb DNA的基因中评估了平行多重MICC错误去除策略。错误频率降低了21.59倍（从14.25/kb降低到0.66/kb），导致无错误组装片段的百分比增加了24.48倍（从3.23%增加到79.07%）。此外，标准的MICC纠错过程可以在1.5小时内完成，每个MICC的成本低至0.374美元。
The development of economical de novo gene synthesis methods using microchip-synthesized oligonucleotides has been limited by their high error rates. In this study, a low-cost, effective and improved-throughput (up to 32 oligos per run) error-removal method using an immobilized cellulose column containing the mismatch binding protein MutS was produced to generate high-quality DNA from oligos, particularly microchip-synthesized oligonucleotides. Error-containing DNA in the initial material was specifically retained on the MutS-immobilized cellulose column (MICC), and error-depleted DNA in the eluate was collected for downstream gene assembly. Significantly, this method improved a population of synthetic enhanced green fluorescent protein (720 bp) clones from 0.93% to 83.22%, corresponding to a decrease in the error frequency of synthetic gene from 11.44/kb to 0.46/kb. In addition, a parallel multiplex MICC error-removal strategy was also evaluated in assembling 11 genes encoding ∼21 kb of DNA from 893 oligos. The error frequency was reduced by 21.59-fold (from 14.25/kb to 0.66/kb), resulting in a 24.48-fold increase in the percentage of error-free assembled fragments (from 3.23% to 79.07%). Furthermore, the standard MICC error-removal process could be completed within 1.5 h at a cost as low as $0.374 per MICC.
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影响因子：
14.9
作者：
Gibson DG
通讯作者：
Gibson DG
DOI：
10.1073/pnas.85.23.8860
发表时间：
1988-12-01
影响因子：
11.1
作者：
JIRICNY, J;HUGHES, M;RUDKIN, BB
通讯作者：
RUDKIN, BB
影响因子：
48
作者：
Cleary, MA;Kilian, K;Hannon, GJ
通讯作者：
Hannon, GJ
通过酶不匹配的裂解从合成基因中去除不匹配的碱基。
影响因子：
14.9
作者：
Fuhrmann, Markus;Oertel, Wolfgang;Berthold, Peter;Hegemann, Peter
通讯作者：
Hegemann, Peter
影响因子：
46.9
作者：
Hughes, TR;Mao, M;Linsley, PS
通讯作者：
Linsley, PS