Single-molecule sequencing of an individual human genome.
Single-molecule sequencing of an individual human genome.
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DOI：
10.1038/nbt.1561
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发表时间：
2009-09
影响因子：
46.9
通讯作者：
Quake, Stephen R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pushkarev, Dmitry;Neff, Norma F.;Quake, Stephen R.
高通量DNA测序技术的最新进展使成本和通量都有了数量级的提高。在这里，我们报告使用单分子方法测序单个人类基因组。我们将数十亿个24到70 bp的reads（平均32 bp）与国家生物技术信息中心（NCBI）参考基因组的90%进行比对，平均覆盖率为28倍。我们的结果是在一台测序仪器上由一个操作员通过四次数据收集运行获得的。单分子测序使分析人类基因组信息成为可能，而不需要克隆、扩增或连接。我们检测到约280万个单核苷酸多态性（SNPs）， Sanger测序验证的假阳性率低于1%，与SNP基因分型阵列的一致性为99.8%。通过分析覆盖深度，我们确定了752个拷贝数变异区域，并使用数字PCR验证了其中的27个。这一里程碑将使基因组测序广泛应用于遗传学和人类健康的许多方面，包括个人基因组学。
Recent advances in high-throughput DNA sequencing technologies have enabled order-of-magnitude improvements in both cost and throughput. Here we report the use of single-molecule methods to sequence an individual human genome. We aligned billions of 24- to 70-bp reads (32 bp average) to ~90% of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) reference genome, with 28× average coverage. Our results were obtained on one sequencing instrument by a single operator with four data collection runs. Single-molecule sequencing enabled analysis of human genomic information without the need for cloning, amplification or ligation. We determined ~2.8 million single nucleotide polymorphisms (SNPs) with a false-positive rate of less than 1% as validated by Sanger sequencing and 99.8% concordance with SNP genotyping arrays. We identified 752 regions of copy number variation by analyzing coverage depth alone and validated 27 of these using digital PCR. This milestone should allow widespread application of genome sequencing to many aspects of genetics and human health, including personal genomics.
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影响因子：
3
作者：
Xie C;Tammi MT
通讯作者：
Tammi MT
影响因子：
30.8
作者：
Iafrate, AJ;Feuk, L;Lee, C
通讯作者：
Lee, C
DOI：
10.1196/annals.1323.007
发表时间：
2005-01-01
期刊：
LONGEVITY HEALTH SCIENCES: THE PHOENIX CONFERENCE
影响因子：
--
作者：
Vijg, J;Busuttil, RA;Dollé, MET
通讯作者：
Dollé, MET
影响因子：
48
作者：
Herman, Daniel S.;Hovingh, G. Kees;Seidman, Christine E.
通讯作者：
Seidman, Christine E.
影响因子：
7
作者：
Li, Heng;Ruan, Jue;Durbin, Richard
通讯作者：
Durbin, Richard