RosettaAntibody: antibody variable region homology modeling server.
RosettaAntibody: antibody variable region homology modeling server.
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DOI：
10.1093/nar/gkp387
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发表时间：
2009-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gray JJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sircar A;Kim ET;Gray JJ
Rosetta抗体服务器(http://antibody.graylab.jhu.edu))给出了相应轻链和重链的氨基酸序列，预测抗体可变区的结构。在初始阶段，服务器识别并显示轻骨架区域和重骨架区域以及每个互补确定区域(CDR)环的最大序列同源性模板结构。随后，将同源性最高的模板组装成侧链优化的粗略模型，服务器返回图片和坐标文件。对于请求高分辨率模型的用户，服务器执行完整的RosettaAb协议，该协议另外对超变量CDR H3循环进行建模。高分辨率协议还通过优化CDR主干扭转角度和同时扰动轻链和重链的相对取向来缓解空间冲突。RosettaAb生成2000个独立的结构，服务器返回10个得分最高的模型的图片、坐标文件和详细的评分信息。这10个模型使用户能够使用理性判断来选择最佳模型，或者将该集合用作进一步研究的集合，如对接。Rosetta抗体生成的高分辨率模型已成功地用于抗体-抗原复合结构的预测。
The RosettaAntibody server (http://antibody.graylab.jhu.edu) predicts the structure of an antibody variable region given the amino-acid sequences of the respective light and heavy chains. In an initial stage, the server identifies and displays the most sequence homologous template structures for the light and heavy framework regions and each of the complementarity determining region (CDR) loops. Subsequently, the most homologous templates are assembled into a side-chain optimized crude model, and the server returns a picture and coordinate file. For users requesting a high-resolution model, the server executes the full RosettaAntibody protocol which additionally models the hyper-variable CDR H3 loop. The high-resolution protocol also relieves steric clashes by optimizing the CDR backbone torsion angles and by simultaneously perturbing the relative orientation of the light and heavy chains. RosettaAntibody generates 2000 independent structures, and the server returns pictures, coordinate files, and detailed scoring information for the 10 top-scoring models. The 10 models enable users to use rational judgment in choosing the best model or to use the set as an ensemble for further studies such as docking. The high-resolution models generated by RosettaAntibody have been used for the successful prediction of antibody–antigen complex structures.
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