Protein structure determination from pseudocontact shifts using ROSETTA.
Protein structure determination from pseudocontact shifts using ROSETTA.
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DOI：
10.1016/j.jmb.2011.12.056
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发表时间：
2012-03-09
影响因子：
5.6
通讯作者：
Huber, Thomas
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schmitz, Christophe;Vernon, Robert;Otting, Gottfried;Baker, David;Huber, Thomas
顺磁性金属离子在核磁共振谱中产生伪接触位移（PCS），其表现为化学位移的容易测量的变化。金属可以通过金属结合标签掺入蛋白质中，PCS数据对核自旋相对于金属离子磁化率各向异性张量（Δχ-张量）坐标系的位置构成了强大的远程约束。我们表明，蛋白质的三维结构可以可靠地确定使用PCS数据从一个单一的金属结合位点结合骨干化学位移。程序PCS-ROSETTA在结构计算过程中从PCS数据自动确定Δ x张量和金属位置，而无需任何蛋白质结构的先验知识。该程序可以准确地确定多达150个残基的蛋白质的结构，为蛋白质结构确定提供了一种强大的新方法，该方法完全依赖于易于测量的骨架化学位移，并容易区分正确和错误折叠的构象。
Paramagnetic metal ions generate pseudocontact shifts (PCSs) in nuclear magnetic resonance spectra that are manifested as easily measurable changes in chemical shifts. Metals can be incorporated into proteins through metal binding tags, and PCS data constitute powerful long-range restraints on the positions of nuclear spins relative to the coordinate system of the magnetic susceptibility anisotropy tensor (Δχ-tensor) of the metal ion. We show that three-dimensional structures of proteins can reliably be determined using PCS data from a single metal binding site combined with backbone chemical shifts. The program PCS-ROSETTA automatically determines the Δχ-tensor and metal position from the PCS data during the structure calculations, without any prior knowledge of the protein structure. The program can determine structures accurately for proteins of up to 150 residues, offering a powerful new approach to protein structure determination that relies exclusively on readily measurable backbone chemical shifts and easily discriminates between correctly and incorrectly folded conformations.
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影响因子：
2.9
作者：
DeRose, EF;Li, DW;London, RE
通讯作者：
London, RE
影响因子：
2.7
作者：
Banci, L;Bertini, I;Parigi, G
通讯作者：
Parigi, G
DOI：
10.1107/s0907444998003254
发表时间：
1998-09-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY
影响因子：
--
作者：
Brunger, AT;Adams, PD;Warren, GL
通讯作者：
Warren, GL
影响因子：
15
作者：
John, Michael;Pintacuda, Guido;Otting, Gottfried
通讯作者：
Otting, Gottfried
影响因子：
64.8
作者：
BARRY, CD;NORTH, ACT;XAVIER, AV
通讯作者：
XAVIER, AV