Safer one-pot synthesis of the 'SHAPE' reagent 1-methyl-7-nitroisatoic anhydride (1m7).
Safer one-pot synthesis of the 'SHAPE' reagent 1-methyl-7-nitroisatoic anhydride (1m7).
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DOI：
10.1261/rna.042374.113
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发表时间：
2013-12
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ares M Jr
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Turner R;Shefer K;Ares M Jr
1-甲基-7-硝基靛红酸酐（1 m7）是一种有用的RNA结构探测试剂，也是SHAPE分析的基础。本文报道了一种可靠、安全、廉价的将4 NIA转化为1 m7的方法。这种方法可以使SHAPE分析适用于大多数分子生物学实验室。估计目标RNA链上沿着的2′-羟基的反应性有助于对折叠RNA结构进行建模;柔性环往往具有反应性，而双链体区域通常不具有反应性。在探测2′-羟基反应性的最有用的试剂是1-甲基-7-硝基靛红酸酐（1 m7），但缺乏可靠，廉价的来源，阻碍了广泛采用。用于转化廉价前体4-硝基靛红酸酐（4 NIA）的现有方案推荐使用在二甲基甲酰胺（DMF）中的NaH，这是大多数分子生物学实验室不具备处理的试剂组合，并且在任何情况下都不能安全地扩展。在这里，我们描述了一种将4 NIA批量转化为1 m7的更安全的一锅法，该方法降低了成本并绕过了NaH的使用。我们表明，通过这种方法产生的1 m7是免费的副产物，可用于探测RNA结构在体外。
1-methyl-7-nitroisatoic anhydride (1m7) is a useful reagent for probing RNA structure and serves as the basis for SHAPE analysis. This paper reports a reliable safe and inexpensive method for converting the precursor (4NIA) to 1m7. This method may make SHAPE analysis available to most molecular biology laboratories. Estimating the reactivity of 2′-hydroxyl groups along an RNA chain of interest aids in the modeling of the folded RNA structure; flexible loops tend to be reactive, whereas duplex regions are generally not. Among the most useful reagents for probing 2′-hydroxyl reactivity is 1-methyl-7-nitroisatoic anhydride (1m7), but the absence of a reliable, inexpensive source has prevented widespread adoption. An existing protocol for the conversion of an inexpensive precursor 4-nitroisatoic anhydride (4NIA) recommends the use of NaH in dimethylformamide (DMF), a reagent combination that most molecular biology labs are not equipped to handle, and that does not scale safely in any case. Here we describe a safer, one-pot method for bulk conversion of 4NIA to 1m7 that reduces costs and bypasses the use of NaH. We show that 1m7 produced by this method is free of side products and can be used to probe RNA structure in vitro.
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作者：
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通讯作者：
MARCKER K A
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作者：
Karabiber, Fethullah;McGinnis, Jennifer L.;Weeks, Kevin M.
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Weeks, Kevin M.
DOI：
10.1073/pnas.1219988110
发表时间：
2013-04-02
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作者：
Hajdin, Christine E.;Bellaousov, Stanislav;Weeks, Kevin M.
通讯作者：
Weeks, Kevin M.
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作者：
Beutner, Gregory L.;Kuethe, Jeffrey T.;Yasuda, Nobuyoshi
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Yasuda, Nobuyoshi