Large-scale structural analysis of the classical human protein tyrosine phosphatome.
Large-scale structural analysis of the classical human protein tyrosine phosphatome.
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DOI：
10.1016/j.cell.2008.11.038
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发表时间：
2009-01-23
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Knapp S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Barr AJ;Ugochukwu E;Lee WH;King ON;Filippakopoulos P;Alfano I;Savitsky P;Burgess-Brown NA;Müller S;Knapp S
蛋白酪氨酸磷酸酶 (PTP) 通过选择性地去磷酸化其底物，在调节细胞功能中发挥着关键作用。在这里，我们展示了 22 种人类 PTP 晶体结构，结合先前的结构知识，可以对经典 PTP 家族进行全面分析。尽管 PTP 的折叠在很大程度上是保守的，但其表面特性却惊人地多样化。磷酸酶中经常发现潜在的次级底物结合袋，这对底物识别和选择性抑制剂的开发都有影响。结构比较确定了四种不同的催化环（WPD）构象，并提出了环闭合的机制。酶测定揭示了 PTP 催化活性的巨大差异，并将 PTPD1、PTPD2 和 HDPTP 鉴定为催化惰性蛋白磷酸酶。我们提出了 RPTPγ/ζ 的“从头到脚”二聚化模型，该模型不同于“抑制楔形”模型，为抑制调节提供了分子基础。该磷酸组资源提供了对家族内 PTP 多样性、催化活性、底物识别和自动调节自关联的更深入的了解。
Protein tyrosine phosphatases (PTPs) play a critical role in regulating cellular functions by selectively dephosphorylating their substrates. Here we present 22 human PTP crystal structures that, together with prior structural knowledge, enable a comprehensive analysis of the classical PTP family. Despite their largely conserved fold, surface properties of PTPs are strikingly diverse. A potential secondary substrate-binding pocket is frequently found in phosphatases, and this has implications for both substrate recognition and development of selective inhibitors. Structural comparison identified four diverse catalytic loop (WPD) conformations and suggested a mechanism for loop closure. Enzymatic assays revealed vast differences in PTP catalytic activity and identified PTPD1, PTPD2, and HDPTP as catalytically inert protein phosphatases. We propose a “head-to-toe” dimerization model for RPTPγ/ζ that is distinct from the “inhibitory wedge” model and that provides a molecular basis for inhibitory regulation. This phosphatome resource gives an expanded insight into intrafamily PTP diversity, catalytic activity, substrate recognition, and autoregulatory self-association.
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影响因子：
30.8
作者：
Fujikawa, A;Shirasaka, D;Noda, M
通讯作者：
Noda, M
影响因子：
64.8
作者：
Bilwes, AM;denHertog, J;Noel, JP
通讯作者：
Noel, JP
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
11.4
作者：
Blanchetot, C;Tertoolen, LGJ;den Hertog, J
通讯作者：
den Hertog, J
影响因子：
5.3
作者：
Jiang, GQ;Den Hertog, J;Hunter, T
通讯作者：
Hunter, T