MAANOVA: A Software Package for the Analysis of Spotted cDNA Microarray Experiments
MAANOVA: A Software Package for the Analysis of Spotted cDNA Microarray Experiments
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DOI：
10.1007/0-387-21679-0_14
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发表时间：
2003
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Hao Wu;M. Kerr;X. Cui;G. Churchill
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Hao Wu;M. Kerr;X. Cui;G. Churchill
我们描述了一个名为 MAANOVA（方差微阵列分析）的软件包。 MAANOVA 是用于对双色 cDNA 微阵列实验的基因表达数据进行统计分析的函数集合。它可在 Matlab 和 R 编程环境中使用，并且可以在支持这些软件包的任何平台上运行。 MAANOVA 允许用户评估数据质量、应用数据转换、使用 ANOVA 模型估计设计实验中的相对基因表达、评估和解释 ANOVA 模型、正式测试基因的差异表达并估计错误发现率、生成表达模式的图形摘要，并通过自举进行聚类分析。 MAANOVA 的开发是出于分析复杂设计实验中产生的微阵列数据的需要。 MAANOVA 在灵活的计算环境中以开放式格式提供微阵列分析的专用功能。 MAANOVA 函数可以单独使用或与其他函数结合使用，对微阵列数据进行严格的统计分析。
We describe a software package called MAANOVA (MicroArray ANalysis Of VAriance). MAANOVA is a collection of functions for statistical analysis of gene expression data from two-color cDNA microarray experiments. It is available in both the Matlab and R programming environments and can be run on any platform that supports these packages. MAANOVA allows the user to assess data quality, apply data transformations, estimate relative gene expression from designed experiments with ANOVA models, evaluate and interpret ANOVA models, formally test for differential expression of genes and estimate false-discovery rates, produce graphical summaries of expression patterns, and perform cluster analysis with bootstrapping. The development of MAANOVA was motivated by the need to analyze microarray data that arise from sophisticated designed experiments. MAANOVA provides specialized functions for microarray analysis in an open-ended format within flexible computing environments. MAANOVA functions can be used alone or in co mbination with other functions for the rigorous statistical analysis of microarray data.