The phylogenetic forest and the quest for the elusive tree of life.
The phylogenetic forest and the quest for the elusive tree of life.
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DOI：
10.1101/sqb.2009.74.006
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发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Puigbò P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Koonin EV;Wolf YI;Puigbò P
原核生物之间广泛的水平基因转移（HGT）似乎破坏了生命之树（TOL）的概念。然而，仍然有可能的TOL可以挽救作为一个统计中心的趋势，在系统发育的“生命之林”（FOL）。一个全面的比较分析6901原核基因的系统发育树揭示了一个信号的垂直遗传是特别强的102近通用树（NUTs），尽管在FOL的树，最有可能的是，由HGT引起的高度拓扑不一致。NUT的拓扑结构与FOL中许多其他树的拓扑结构相似;虽然NUT不能完全代表FOL，但它们反映了一个重要的中心趋势。因此，原来的TOL概念变得过时，但“弱”TOL作为FOL的主导趋势的想法值得进一步研究。由于复制过程的固有树状特征，构成FOL的基因树的整体似乎是生命历史的自然代表。
Extensive horizontal gene transfer (HGT) among prokaryotes seems to undermine the tree of life (TOL) concept. However, the possibility remains that the TOL can be salvaged as a statistical central trend in the phylogenetic “forest of life” (FOL). A comprehensive comparative analysis of 6901 phylogenetic trees for prokaryotic genes revealed a signal of vertical inheritance that was particularly strong among the 102 nearly universal trees (NUTs), despite the high topological inconsistency among the trees in the FOL, most likely, caused by HGT. The topologies of the NUTs are similar to the topologies of numerous other trees in the FOL; although the NUTs cannot represent the FOL completely, they reflect a significant central trend. Thus, the original TOL concept becomes obsolete but the idea of a “weak” TOL as the dominant trend in the FOL merits further investigation. The totality of gene trees comprising the FOL appears to be a natural representation of the history of life given the inherent tree-like character of the replication process.
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DOI：
10.1073/pnas.0610699104
发表时间：
2007-02-13
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Doolittle, W. Ford;Bapteste, Eric
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Bapteste, Eric