Protein-Sol: a web tool for predicting protein solubility from sequence.
Protein-Sol: a web tool for predicting protein solubility from sequence.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx345
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发表时间：
2017-10-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Warwicker J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hebditch M;Carballo-Amador MA;Charonis S;Curtis R;Warwicker J
蛋白质的溶解性在工业和治疗应用中是一个重要的性质。预测是一个挑战，尽管人们对相关的物理化学性质的了解越来越多。Protein-Sol是一个用于预测蛋白质溶解度的网络服务器。利用现有的关于大肠杆菌蛋白质在无细胞表达系统中的溶解度的数据，计算了35个基于序列的性质。特征权重通过分离低溶解度和高溶解度子集来确定。该模型返回预测的溶解度和偏离平均值最大的特征的指示。在沿序列的窗口计算中还描述了另外两个属性：折叠倾向和分段净电荷。以硫氧还蛋白为例，说明了这些附加特征的实用性。Protein-Sol网络服务器可在http://protein-sol.manchester.ac.uk.上获得
Protein solubility is an important property in industrial and therapeutic applications. Prediction is a challenge, despite a growing understanding of the relevant physicochemical properties. Protein–Sol is a web server for predicting protein solubility. Using available data for Escherichia coli protein solubility in a cell-free expression system, 35 sequence-based properties are calculated. Feature weights are determined from separation of low and high solubility subsets. The model returns a predicted solubility and an indication of the features which deviate most from average values. Two other properties are profiled in windowed calculation along the sequence: fold propensity, and net segment charge. The utility of these additional features is demonstrated with the example of thioredoxin. The Protein–Sol webserver is available at http://protein-sol.manchester.ac.uk.
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DOI：
10.1073/pnas.0811922106
发表时间：
2009-03-17
影响因子：
11.1
作者：
Niwa, Tatsuya;Ying, Bei-Wen;Taguchi, Hideki
通讯作者：
Taguchi, Hideki
影响因子：
4.9
作者：
Warwicker, Jim;Charonis, Spyros;Curtis, Robin A.
通讯作者：
Curtis, Robin A.
DOI：
10.1073/pnas.032671499
发表时间：
2002-04-02
影响因子：
11.1
作者：
Slesarev, AI;Mezhevaya, KV;Kozyavkin, SA
通讯作者：
Kozyavkin, SA
影响因子：
5.8
作者：
Magnan, Christophe N.;Randall, Arlo;Baldi, Pierre
通讯作者：
Baldi, Pierre
影响因子：
5.6
作者：
KATTI, SK;LEMASTER, DM;EKLUND, H
通讯作者：
EKLUND, H