A functional genomics predictive network model identifies regulators of inflammatory bowel disease.
A functional genomics predictive network model identifies regulators of inflammatory bowel disease.
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DOI：
10.1038/ng.3947
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发表时间：
2017-10
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Schadt EE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Peters LA;Perrigoue J;Mortha A;Iuga A;Song WM;Neiman EM;Llewellyn SR;Di Narzo A;Kidd BA;Telesco SE;Zhao Y;Stojmirovic A;Sendecki J;Shameer K;Miotto R;Losic B;Shah H;Lee E;Wang M;Faith JJ;Kasarskis A;Brodmerkel C;Curran M;Das A;Friedman JR;Fukui Y;Humphrey MB;Iritani BM;Sibinga N;Tarrant TK;Argmann C;Hao K;Roussos P;Zhu J;Zhang B;Dobrin R;Mayer LF;Schadt EE
炎症性肠病(IBD)的一个主要挑战是整合不同的IBD数据集来构建IBD的预测模型。我们提出了一个IBD免疫成分的预测模型，该模型使用与IBD的细胞、组织和病理生理学相关的功能和调节注释，通过全基因组关联研究(GWAS)来告知先前与IBD相关的基因座之间的因果关系。我们的模型由单个网络组成，该网络使用从三个不同疾病阶段的IBD患者群体分离的肠道样本产生的分子数据构建。我们进行了关键驱动因素分析，以确定被预测为调节与IBD相关的网络调节状态的基因，对12个最主要的关键驱动因素进行了优先排序和前瞻性实验验证。这一经过验证的关键驱动程序集不仅引入了IBD核心过程的新调节器，还提供了可直接查询以询问和完善定义IBD的监管框架的遗传、分子和临床特征的集成电路。
A major challenge in inflammatory bowel disease (IBD) is the integration of diverse IBD data sets to construct predictive models of IBD. We present a predictive model of the immune component of IBD that informs causal relationships among loci previously linked to IBD through genome-wide association studies (GWAS) using functional and regulatory annotations that relate to the cells, tissues, and pathophysiology of IBD. Our model consists of individual networks constructed using molecular data generated from intestinal samples isolated from three populations of patients with IBD at different stages of disease. We performed key driver analysis to identify genes predicted to modulate network regulatory states associated with IBD, prioritizing and prospectively validating 12 of the top key drivers experimentally. This validated key driver set not only introduces new regulators of processes central to IBD but also provides the integrated circuits of genetic, molecular, and clinical traits that can be directly queried to interrogate and refine the regulatory framework defining IBD.
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影响因子：
64.5
作者：
Ivanov, Ivaylo I.;McKenzie, Brent S.;Littman, Dan R.
通讯作者：
Littman, Dan R.
影响因子：
1.5
作者：
Casimiro, Isabel;Chinnasamy, Prameladevi;Sibinga, Nicholas E. S.
通讯作者：
Sibinga, Nicholas E. S.
影响因子：
3.6
作者：
Giguère PM;Billard MJ;Laroche G;Buckley BK;Timoshchenko RG;McGinnis MW;Esserman D;Foreman O;Liu P;Siderovski DP;Tarrant TK
通讯作者：
Tarrant TK
早发作感染患者的遗传DOCK2缺乏。
DOI：
10.1056/nejmoa1413462
发表时间：
2015-06-18
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
Dobbs K;Domínguez Conde C;Zhang SY;Parolini S;Audry M;Chou J;Haapaniemi E;Keles S;Bilic I;Okada S;Massaad MJ;Rounioja S;Alwahadneh AM;Serwas NK;Capuder K;Çiftçi E;Felgentreff K;Ohsumi TK;Pedergnana V;Boisson B;Haskoloğlu Ş;Ensari A;Schuster M;Moretta A;Itan Y;Patrizi O;Rozenberg F;Lebon P;Saarela J;Knip M;Petrovski S;Goldstein DB;Parrott RE;Savas B;Schambach A;Tabellini G;Bock C;Chatila TA;Comeau AM;Geha RS;Abel L;Buckley RH;İkincioğulları A;Al-Herz W;Helminen M;Doğu F;Casanova JL;Boztuğ K;Notarangelo LD
通讯作者：
Notarangelo LD
DOI：
10.1084/jem.20091776
发表时间：
2010-04-12
期刊：
The Journal of experimental medicine
影响因子：
--
作者：
Gotoh K;Tanaka Y;Nishikimi A;Nakamura R;Yamada H;Maeda N;Ishikawa T;Hoshino K;Uruno T;Cao Q;Higashi S;Kawaguchi Y;Enjoji M;Takayanagi R;Kaisho T;Yoshikai Y;Fukui Y
通讯作者：
Fukui Y