Statistical modeling for selecting housekeeper genes.
Statistical modeling for selecting housekeeper genes.
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DOI：
10.1186/gb-2004-5-8-r59
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发表时间：
2004
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Bernard PS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Szabo A;Perou CM;Karaca M;Perreard L;Palais R;Quackenbush JF;Bernard PS
提出了统计模型，用于选择最好的管家，以使给定组织类型内和不同类型组织样本之间的定量数据标准化。需要统计方法来识别在各种实验条件下表达变化最小的基因。这些“管家”基因被广泛用作对照，利用凝胶分析和实时RT-PCR对测试基因进行量化。我们用实时定量RT-PCR技术分析了80例乳腺肿瘤中6个管家基因(MRPL19(线粒体核糖体蛋白L19)、PSMC4(蛋白酶体、巨痛)26S亚基、ATPase、4)、SF3A1(剪接因子3a，亚基1,120 kDa)、PUM1(果蝇)、ACTB(肌动蛋白，β)和GAPD(甘油醛-3-磷酸脱氢酶)的表达变化。我们提出了适当的模型来选择最好的管家，以使给定组织类型(例如，乳腺癌)内和不同类型组织样本之间的定量数据标准化。
Statistical models are presented for selecting the best housekeepers to normalize quantitative data within a given tissue type and across different types of tissue samples. There is a need for statistical methods to identify genes that have minimal variation in expression across a variety of experimental conditions. These 'housekeeper' genes are widely employed as controls for quantification of test genes using gel analysis and real-time RT-PCR. Using real-time quantitative RT-PCR, we analyzed 80 primary breast tumors for variation in expression of six putative housekeeper genes (MRPL19 (mitochondrial ribosomal protein L19), PSMC4 (proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, ATPase, 4), SF3A1 (splicing factor 3a, subunit 1, 120 kDa), PUM1 (pumilio homolog 1 (Drosophila)), ACTB (actin, beta) and GAPD (glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)). We present appropriate models for selecting the best housekeepers to normalize quantitative data within a given tissue type (for example, breast cancer) and across different types of tissue samples.
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