KDE Bioscience: platform for bioinformatics analysis workflows.
KDE Bioscience: platform for bioinformatics analysis workflows.
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DOI：
10.1016/j.jbi.2005.09.001
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发表时间：
2006-08
影响因子：
4.5
通讯作者：
Li YX
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lu Q;Hao P;Curcin V;He W;Li YY;Luo QM;Guo YK;Li YX
生物信息学是一个动态的研究领域，大量的算法和程序已经快速、独立地开发出来，迄今为止还没有太多考虑标准化的需要。由于缺乏此类通用标准，再加上不友好的界面，生物学家很难学习如何使用这些工具并将数据格式从一种格式转换为另一种格式。因此，构建一个综合的生物信息学平台来促进生物学家的研究是一项紧迫而富有挑战性的任务。 KDE Bioscience是一个基于java的软件平台，集合了多种生物信息学工具并提供了集成它们的工作流程机制。可以输入、注释和比对来自本地平面文件、网站和关系数据库的核苷酸和蛋白质序列。内置了多个自制或第三方查看器，以提供注释或对齐的可视化。 KDE Bioscience 还可以部署在客户端-服务器模式下，支持多个用户同时执行相同的工作流程。此外，工作流程可以发布为可以从网络浏览器执行的网页。 KDE Bioscience 的力量来自于集成的算法和数据源。凭借其通用的工作流程机制，可以集成其他新颖的计算和模拟以增强当前的序列分析功能。由于这种灵活且可扩展的架构，KDE Bioscience 为未来的生物信息学或系统生物学研究提供了理想的集成信息学环境。
Bioinformatics is a dynamic research area in which a large number of algorithms and programs have been developed rapidly and independently without much consideration so far of the need for standardization. The lack of such common standards combined with unfriendly interfaces make it difficult for biologists to learn how to use these tools and to translate the data formats from one to another. Consequently, the construction of an integrative bioinformatics platform to facilitate biologists’ research is an urgent and challenging task. KDE Bioscience is a java-based software platform that collects a variety of bioinformatics tools and provides a workflow mechanism to integrate them. Nucleotide and protein sequences from local flat files, web sites, and relational databases can be entered, annotated, and aligned. Several home-made or 3rd-party viewers are built-in to provide visualization of annotations or alignments. KDE Bioscience can also be deployed in client-server mode where simultaneous execution of the same workflow is supported for multiple users. Moreover, workflows can be published as web pages that can be executed from a web browser. The power of KDE Bioscience comes from the integrated algorithms and data sources. With its generic workflow mechanism other novel calculations and simulations can be integrated to augment the current sequence analysis functions. Because of this flexible and extensible architecture, KDE Bioscience makes an ideal integrated informatics environment for future bioinformatics or systems biology research.
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