A bag-of-words approach for Drosophila gene expression pattern annotation.
A bag-of-words approach for Drosophila gene expression pattern annotation.
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DOI：
10.1186/1471-2105-10-119
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发表时间：
2009-04-21
影响因子：
3
通讯作者：
Ye J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ji S;Li YX;Zhou ZH;Kumar S;Ye J
果蝇基因表达模式图像记录了胚胎发生过程中基因表达的时空动态。对这些形象进行比较分析，可以为研究制约发展的监管网络提供一个根本性的重要途径。为了便于模式比较和搜索，伯克利果蝇基因组计划（BDGP）高通量研究中的图像组使用受控词汇手动注释可变数量的解剖术语。考虑到可用图像的数量正在迅速增加，因此必须设计计算方法来自动执行此任务。我们提出了一种自动标注基因表达模式图像的计算方法。所提出的方法使用的词袋计划，利用现有的信息模式注释和注释图像使用的模型，利用术语之间的相关性。所提出的方法可以单独地或成组地注释图像（例如，根据发展阶段）。此外，所提出的方法可以集成来自胚胎的不同二维视图的信息。BDGP数据的胚胎模式的结果表明，我们的方法显着优于其他方法。建议的词袋计划是有效的，在表示一组注释分配给一组图像，和模型成功地捕捉到不同的控制词汇之间的相关性的图像进行注释。来自多个胚胎视图的现有注释信息的集成提高了注释性能。
Drosophila gene expression pattern images document the spatiotemporal dynamics of gene expression during embryogenesis. A comparative analysis of these images could provide a fundamentally important way for studying the regulatory networks governing development. To facilitate pattern comparison and searching, groups of images in the Berkeley Drosophila Genome Project (BDGP) high-throughput study were annotated with a variable number of anatomical terms manually using a controlled vocabulary. Considering that the number of available images is rapidly increasing, it is imperative to design computational methods to automate this task. We present a computational method to annotate gene expression pattern images automatically. The proposed method uses the bag-of-words scheme to utilize the existing information on pattern annotation and annotates images using a model that exploits correlations among terms. The proposed method can annotate images individually or in groups (e.g., according to the developmental stage). In addition, the proposed method can integrate information from different two-dimensional views of embryos. Results on embryonic patterns from BDGP data demonstrate that our method significantly outperforms other methods. The proposed bag-of-words scheme is effective in representing a set of annotations assigned to a group of images, and the model employed to annotate images successfully captures the correlations among different controlled vocabulary terms. The integration of existing annotation information from multiple embryonic views improves annotation performance.
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影响因子：
4.3
作者：
Samsonova, Anastasia A.;Niranjan, Mahesan;Russell, Steven;Brazma, Alvis
通讯作者：
Brazma, Alvis
DOI：
10.1016/s0097-8485(96)80004-0
发表时间：
1996-03-01
期刊：
COMPUTERS & CHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
Gribskov, M;Robinson, NL
通讯作者：
Robinson, NL
DOI：
10.1023/b:visi.0000029664.99615.94
发表时间：
2004-11-01
影响因子：
19.5
作者：
Lowe, DG
通讯作者：
Lowe, DG
DOI：
10.1109/tpami.2005.188
发表时间：
2005-10-01
影响因子：
23.6
作者：
Mikolajczyk, K;Schmid, C
通讯作者：
Schmid, C
影响因子：
3
作者：
Costa, Ivan G.;Krause, Roland;Schliep, Alexander
通讯作者：
Schliep, Alexander