Selection of Reference Genes for Normalization of Gene Expression in Thermobia domestica (Insecta: Zygentoma: Lepismatidae).
Selection of Reference Genes for Normalization of Gene Expression in Thermobia domestica (Insecta: Zygentoma: Lepismatidae).
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选择用于 Thermobia Domestica 基因表达标准化的参考基因（昆虫纲：Zygentoma：Lepismatidae）
DOI：
10.3390/genes12010021
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发表时间：
2020-12-25
期刊：
影响因子：
3.5
通讯作者：
Luan YX
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bai Y;Lv YN;Zeng M;Jia PY;Lu HN;Zhu YB;Li S;Cui YY;Luan YX
Zygentoma在理解昆虫变态进化中占据关键的进化地位，但在遗传分析方面却很少受到关注。为了在该昆虫中开展功能基因组研究，我们评估了来自Thermobia altica（Zygentoma的代表物种）的用于定量RT-PCR（qPCR）研究的5个候选内参基因，包括肌动蛋白5C（Actin 5C）、延伸因子-1 α（EF 1A）、核糖体蛋白S26（RPS 26）、核糖体蛋白L32（RPL 32）和超氧化物歧化酶2（SOD 2），在不同的发育阶段，在不同的身体部位，并在dsRNA显微注射和饥饿压力下，使用四种算法（delta Ct，geNorm，Normalization和BestKeeper）和比较算法（Referral）。在特定的实验条件下推荐特定的合适参考基因，并且RPS 26和RPL 32的组合适合所有测试样本。利用我们选择的参考基因组合，我们研究了昆虫变态的关键基因Myoglianin（Myo）在无变态T。在拟南芥中进行了RNA干扰（RNAi），并证明了RNAi在拟南芥中的有效性。本研究为Zygentoma的基因定量研究提供了可靠的基础，对Zygentoma的进化和功能基因组学研究具有重要意义。
Zygentoma occupies a key evolutionary position for understanding the evolution of insect metamorphosis but has received little attention in terms of genetic analysis. To develop functional genomic studies in this insect, we evaluated five candidate internal reference genes for quantitative RT-PCR (qPCR) studies from Thermobia domestica, a representative species of Zygentoma, including Actin 5C (Actin5C), Elongation factor-1 alpha (EF1A), Ribosome protein S26 (RPS26), Ribosome protein L32 (RPL32), and Superoxide dismutase 2 (SOD2), at different developmental stages, in various body parts, and under dsRNA microinjection and starvation stresses, using four algorithms (delta Ct, geNorm, NormFinder and BestKeeper) and a comparative algorithm (RefFinder). Specific suitable reference genes were recommended across specific experimental conditions, and the combination of RPS26 and RPL32 was appropriate for all tested samples. Employing our selected reference gene combination, we investigated the gene expression pattern of Myoglianin (Myo), a crucial gene-regulating insect metamorphosis, in ametabolous T. domestica, and demonstrated the efficiency of RNA interference (RNAi) in firebrat nymphs. This study provides a basis for reliable quantitative studies of genes and greatly benefits evolutionary and functional genomics studies in Zygentoma.
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