Absolute Binding Free Energies between T4 Lysozyme and 141 Small Molecules: Calculations Based on Multiple Rigid Receptor Configurations.
Absolute Binding Free Energies between T4 Lysozyme and 141 Small Molecules: Calculations Based on Multiple Rigid Receptor Configurations.
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DOI：
10.1021/acs.jctc.6b01183
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发表时间：
2017-06-13
影响因子：
5.5
通讯作者：
Minh DDL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xie B;Nguyen TH;Minh DDL
我们证明了使用多个刚性受体构型估计蛋白质-配体结合自由能的可行性。基于T4溶菌酶快照提取的六个炼金术的结合自由能计算与一个灵活的受体，结合自由能估计共141个配体。对于24个配体，计算再现灵活的受体估计与相关系数为0.90和均方根误差为1.59千卡/摩尔。基于Poisson-Boltzmann/表面积隐式溶剂的计算的准确性与先前报道的自由能计算相当。
We demonstrate the feasibility of estimating protein-ligand binding free energies using multiple rigid receptor configurations. Based on T4 lysozyme snapshots extracted from six alchemical binding free energy calculations with a flexible receptor, binding free energies were estimated for a total of 141 ligands. For 24 ligands, the calculations reproduced flexible-receptor estimates with a correlation coefficient of 0.90 and a root mean square error of 1.59 kcal/mol. The accuracy of calculations based on Poisson-Boltzmann/Surface Area implicit solvent was comparable to previously reported free energy calculations.
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