TBI server: a web server for predicting ion effects in RNA folding.
TBI server: a web server for predicting ion effects in RNA folding.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0119705
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Chen SJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhu Y;He Z;Chen SJ
金属离子在 RNA 结构的稳定中起着至关重要的作用。因此，准确预测RNA折叠中的离子效应可以对我们对RNA结构和功能的理解产生深远的影响。多价离子，尤其是 Mg2+，对于 RNA 三级结构的形成至关重要。这些离子可能在 RNA 表面附近变得紧密相关。目前大多数可用的软件包在预测生物分子系统中的离子效应方面取得了广泛的成功，但并未明确考虑离子相关效应。因此，开发一个软件包/网络服务器通过包含离子相关效应来预测 RNA 折叠中的离子静电非常重要。 TBI 网络服务器 http://rna.physicals.missouri.edu/tbi_index.html 提供对总静电自由能、不同自由能分量以及束缚离子的平均数量和最可能分布的预测。 TBI 服务器的一个新颖功能是它能够考虑离子相关性和离子分布波动影响。通过考虑离子相关性和波动效应，TBI 服务器是一种独特的在线工具，用于计算给定 RNA 结构的离子介导的静电特性。研究结果可为深入分析RNA折叠中的离子效应提供重要数据，包括折叠稳定性的离子依赖性、折叠过程中的离子摄取以及不同能量成分之间的相互作用。
Metal ions play a critical role in the stabilization of RNA structures. Therefore, accurate prediction of the ion effects in RNA folding can have a far-reaching impact on our understanding of RNA structure and function. Multivalent ions, especially Mg2+, are essential for RNA tertiary structure formation. These ions can possibly become strongly correlated in the close vicinity of RNA surface. Most of the currently available software packages, which have widespread success in predicting ion effects in biomolecular systems, however, do not explicitly account for the ion correlation effect. Therefore, it is important to develop a software package/web server for the prediction of ion electrostatics in RNA folding by including ion correlation effects. The TBI web server http://rna.physics.missouri.edu/tbi_index.html provides predictions for the total electrostatic free energy, the different free energy components, and the mean number and the most probable distributions of the bound ions. A novel feature of the TBI server is its ability to account for ion correlation and ion distribution fluctuation effects. By accounting for the ion correlation and fluctuation effects, the TBI server is a unique online tool for computing ion-mediated electrostatic properties for given RNA structures. The results can provide important data for in-depth analysis for ion effects in RNA folding including the ion-dependence of folding stability, ion uptake in the folding process, and the interplay between the different energetic components.
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