ProBiS-2012: web server and web services for detection of structurally similar binding sites in proteins.
ProBiS-2012: web server and web services for detection of structurally similar binding sites in proteins.
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DOI：
10.1093/nar/gks435
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发表时间：
2012-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Janezic D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Konc J;Janezic D
ProBiS网络服务器是一种网络服务器，用于检测PDB中结构相似的结合位点以及蛋白质结构的局部成对比对。在本文中，我们提出了一个新版本的ProBiS Web服务器，由于ProBiS算法的高效并行化，它比早期版本快10倍，现在可以更快地比较蛋白质查询与PDB，并将扫描整个PDB的计算时间从几小时减少到几分钟。它还具有新的Web服务和改进的用户界面。此外，新的网络服务器与ProBiS数据库相结合，因此可以即时访问超过29，000个非冗余蛋白质结构的预先计算的蛋白质相似性图谱。ProBiS网络服务器特别擅长于检测蛋白质中的二级结合位点。可在http://probis.cmm.ki.si免费查阅，新的ProBiS网络服务器位于http：//probis.cmm.ki.si。
The ProBiS web server is a web server for detection of structurally similar binding sites in the PDB and for local pairwise alignment of protein structures. In this article, we present a new version of the ProBiS web server that is 10 times faster than earlier versions, due to the efficient parallelization of the ProBiS algorithm, which now allows significantly faster comparison of a protein query against the PDB and reduces the calculation time for scanning the entire PDB from hours to minutes. It also features new web services, and an improved user interface. In addition, the new web server is united with the ProBiS-Database and thus provides instant access to pre-calculated protein similarity profiles for over 29 000 non-redundant protein structures. The ProBiS web server is particularly adept at detection of secondary binding sites in proteins. It is freely available at http://probis.cmm.ki.si/old-version, and the new ProBiS web server is at http://probis.cmm.ki.si.
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影响因子：
--
作者：
Fedorov O;Huber K;Eisenreich A;Filippakopoulos P;King O;Bullock AN;Szklarczyk D;Jensen LJ;Fabbro D;Trappe J;Rauch U;Bracher F;Knapp S
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