Computational purification of individual tumor gene expression profiles leads to significant improvements in prognostic prediction.
Computational purification of individual tumor gene expression profiles leads to significant improvements in prognostic prediction.
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DOI：
10.1186/gm433
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发表时间：
2013-03-28
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Morris Q
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Quon G;Haider S;Deshwar AG;Cui A;Boutros PC;Morris Q
肿瘤异质性是癌症治疗和生物标志物发现的限制因素，以个性化it.We描述了一种计算纯化工具，ISOpure，它直接解决了临床肿瘤标本中正常组织的可变污染的影响。ISOpure使用一组肿瘤表达谱和一组健康组织表达谱来生成每个肿瘤样本的纯化癌症谱，以及对源自癌细胞的RNA比例的估计。在识别基因特征之前应用ISOpure可以显著改善肺癌和前列腺癌的预后和其他临床变量的预测。
Tumor heterogeneity is a limiting factor in cancer treatment and in the discovery of biomarkers to personalize it. We describe a computational purification tool, ISOpure, which directly addresses the effects of variable contamination by normal tissue in clinical tumor specimens. ISOpure uses a set of tumor expression profiles and a panel of healthy tissue expression profiles to generate a purified cancer profile for each tumor sample, and an estimate of the proportion of RNA originating from cancerous cells. Applying ISOpure before identifying gene signatures leads to significant improvements in the prediction of prognosis and other clinical variables in lung and prostate cancer.
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影响因子：
56.9
作者：
Golub, TR;Slonim, DK;Lander, ES
通讯作者：
Lander, ES
影响因子：
45.3
作者：
Khambata-Ford, Shirin;Garrett, Christopher R.;Mauro, David J.
通讯作者：
Mauro, David J.
影响因子：
64.8
作者：
Curtis, Christina;Shah, Sohrab P.;Chin, Suet-Feung;Turashvili, Gulisa;Rueda, Oscar M.;Dunning, Mark J.;Speed, Doug;Lynch, Andy G.;Samarajiwa, Shamith;Yuan, Yinyin;Graef, Stefan;Ha, Gavin;Haffari, Gholamreza;Bashashati, Ali;Russell, Roslin;McKinney, Steven;Langerod, Anita;Green, Andrew;Provenzano, Elena;Wishart, Gordon;Pinder, Sarah;Watson, Peter;Markowetz, Florian;Murphy, Leigh;Ellis, Ian;Purushotham, Arnie;Borresen-Dale, Anne-Lise;Brenton, James D.;Tavare, Simon;Caldas, Carlos;Aparicio, Samuel
通讯作者：
Aparicio, Samuel
影响因子：
82.9
作者：
Beer, DG;Kardia, SLR;Hanash, S
通讯作者：
Hanash, S
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq406
发表时间：
2010-10-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Erkkilä T;Lehmusvaara S;Ruusuvuori P;Visakorpi T;Shmulevich I;Lähdesmäki H
通讯作者：
Lähdesmäki H