LigParGen web server: an automatic OPLS-AA parameter generator for organic ligands.
LigParGen web server: an automatic OPLS-AA parameter generator for organic ligands.
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DOI：
10.1093/nar/gkx312
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发表时间：
2017-07-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Jorgensen WL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dodda LS;Cabeza de Vaca I;Tirado-Rives J;Jorgensen WL
用基于力场的方法精确计算蛋白质/核酸-配体相互作用或凝聚相性质需要精确描述分子间相互作用的能量学。尽管在力场方面取得了进展，但由于化学空间的大小，小分子参数化仍然是一个开放的问题；最关键的问题是估计一组平衡的原子电荷，并具有重现实验性质的能力。LigParGen web服务器提供了一个直观的界面，用于生成有机配体的opl - aa /1.14*CM1A（-LBCC）力场参数，格式为常用的分子动力学和蒙特卡罗模拟包。该服务器对于有兴趣通过分子力学模拟研究与配体相互作用的分子间现象的研究人员具有很高的价值。它是免费的，在jorgensenresearch.com/ligpargen上对所有人开放，并且没有登录要求。
The accurate calculation of protein/nucleic acid–ligand interactions or condensed phase properties by force field-based methods require a precise description of the energetics of intermolecular interactions. Despite the progress made in force fields, small molecule parameterization remains an open problem due to the magnitude of the chemical space; the most critical issue is the estimation of a balanced set of atomic charges with the ability to reproduce experimental properties. The LigParGen web server provides an intuitive interface for generating OPLS-AA/1.14*CM1A(-LBCC) force field parameters for organic ligands, in the formats of commonly used molecular dynamics and Monte Carlo simulation packages. This server has high value for researchers interested in studying any phenomena based on intermolecular interactions with ligands via molecular mechanics simulations. It is free and open to all at jorgensenresearch.com/ligpargen, and has no login requirements.
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