VizPrimer: a web server for visualized PCR primer design based on known gene structure
VizPrimer: a web server for visualized PCR primer design based on known gene structure
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VizPrimer：基于已知基因结构的可视化 PCR 引物设计的网络服务器
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr582
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发表时间：
2011-12-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Zhang, Chenggang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhou, Yang;Qu, Wubin;Zhang, Chenggang
基因结构的可视化在聚合酶链式反应(PCR)引物设计中起着重要的作用，特别是对于含有大量剪接变体的真核基因，用户需要通过PCR来区分它们。在这里，我们描述了一个可视化的Web服务器，用于初级设计，名为VizPrimer。它利用新的信息技术(IT)工具HTML5来显示基因结构，并使用JavaScript与用户进行交互。在VizPrimer中，用户可以将注意力集中在基因结构和引物设计策略上，而不需要浪费时间计算剪接变异体的外显子位置或手动配置复杂的参数。此外，VizPrimer还适用于设计扩增开放阅读框和检测单核苷酸多态(SNPs)的聚合酶链式反应(PCR)引物。
The visualization of gene structure plays an important role in polymerase chain reaction (PCR) primer design, especially for eukaryotic genes with a number of splice variants that users need to distinguish between via PCR. Here, we describe a visualized web server for primer design named VizPrimer. It utilizes the new information technology (IT) tools, HTML5 to display gene structure and JavaScript to interact with the users. In VizPrimer, the users can focus their attention on the gene structure and primer design strategy, without wasting time calculating the exon positions of splice variants or manually configuring complicated parameters. In addition, VizPrimer is also suitable for the design of PCR primers for amplifying open reading frames and detecting single nucleotide polymorphisms (SNPs).