Characterization of the nonallelic homologous recombination hotspot PRS3 associated with type‐3 NF1 deletions
Characterization of the nonallelic homologous recombination hotspot PRS3 associated with type‐3 NF1 deletions
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与 3 型 NF1 缺失相关的非等位基因同源重组热点 PRS3 的表征
DOI：
10.1002/humu.21644
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.9
通讯作者：
Kehrer-Sawatzki H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zickler AM;Hampp S;Messiaen L;Bengesser K;Mussotter T;Roehl AC;Wimmer K;Mautner VF;Kluwe L;Upadhyaya M;Pasmant E;Chuzhanova N;Kestler HA;Högel J;Legius E;Claes K;Cooper DN;Kehrer-Sawatzki H
非等位基因同源重组(Nahr)是导致反复基因组重排的主要机制，包括17q11.2处的大片段缺失，导致1型神经纤维瘤病(NF1)。在这里，我们发现了一个新的Nahr热点，负责跨越1.0Mb的3NF1类型缺失。在11个已知的3NF1类型缺失中，有10个注意到了这个1kb热点内的断点聚集，称为PRS3。PrS3位于NF1-REPb和NF1-REPc低拷贝重复序列的LRRC37B假基因内。与其他已鉴定的NaHR热点不同，PRS3不是在已存在的等位基因同源重组热点上形成的。此外，PRS3及其侧翼区的变异模式是不寻常的，因为只有NF1-REPc(而不是NF1-REPb)具有高的单核苷酸多态(SNP)频率，这表明通过非等位基因同源转换(NAHGC)进行的单向序列转移。相比之下，先前描述的CMT1A-REPS内强烈的Nahr热点，以及潜在的类型-1NF1缺失的PRS1和PRS2热点，经历了频繁的双向序列转移。NF1-REPc中的PRS3也被发现与NAHGC有关，LRRC37B基因是LRRC37B-P复制子的前驱基因，这些基因座之间存在共同的SNPs。因此，PrS3代表了一个微弱的(可能在进化上相当年轻的)Nahr热点，具有独特的性质。Hum Mutat 33：372-383,2012。©2011 Wiley期刊，Inc.
Nonallelic homologous recombination (NAHR) is the major mechanism underlying recurrent genomic rearrangements, including the large deletions at 17q11.2 that cause neurofibromatosis type 1 (NF1). Here, we identify a novel NAHR hotspot, responsible for type‐3NF1deletions that span 1.0 Mb. Breakpoint clustering within this 1‐kb hotspot, termed PRS3, was noted in 10 of 11 known type‐3NF1deletions. PRS3 is located within theLRRC37Bpseudogene of the NF1‐REPb and NF1‐REPc low‐copy repeats. In contrast to other previously characterized NAHR hotspots, PRS3 has not developed on a preexisting allelic homologous recombination hotspot. Furthermore, the variation pattern of PRS3 and its flanking regions is unusual since only NF1‐REPc (and not NF1‐REPb) is characterized by a high single nucleotide polymorphism (SNP) frequency, suggestive of unidirectional sequence transfer via nonallelic homologous gene conversion (NAHGC). By contrast, the previously described intense NAHR hotspots within the CMT1A‐REPs, and the PRS1 and PRS2 hotspots underlying type‐1NF1deletions, experience frequent bidirectional sequence transfer. PRS3 within NF1‐REPc was also found to be involved in NAHGC with theLRRC37Bgene, the progenitor locus of theLRRC37B‐P duplicons, as indicated by the presence of shared SNPs between these loci. PRS3 therefore represents a weak (and probably evolutionarily rather young) NAHR hotspot with unique properties. Hum Mutat 33:372–383, 2012. © 2011 Wiley Periodicals, Inc.
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DOI：
10.1073/pnas.0804933105
发表时间：
2008-07-29
影响因子：
11.1
作者：
Webb, Adam J.;Berg, Ingrid L.;Jeffreys, Alec
通讯作者：
Jeffreys, Alec
人类γ珠蛋白基因拷贝数不稳定的动态和过程
DOI：
10.1073/pnas.1003634107
发表时间：
2010
期刊：
Proceedings of the National Academy of Sciences
影响因子：
--
作者：
R. Neumann;Victoria E Lawson;A. Jeffreys
通讯作者：
A. Jeffreys
2 型 NF1 缺失非常不寻常，因为不存在非等位基因同源重组热点并且明显偏好雌性有丝分裂重组。
影响因子：
9.8
作者：
Katharina Steinmann;D. Cooper;L. Kluwe;N. Chuzhanova;C. Senger;E. Serra;C. Lázaro;M. Gilaberte;K. Wimmer;V. Mautner;H. Kehrer
通讯作者：
H. Kehrer
影响因子：
30.8
作者：
Jeffreys, AJ;May, CA
通讯作者：
May, CA
影响因子：
3.9
作者：
Pasmant, Eric;Sabbagh, Audrey;Vidaud, Dominique
通讯作者：
Vidaud, Dominique