Software Application Profile: PHESANT: a tool for performing automated phenome scans in UK Biobank.
Software Application Profile: PHESANT: a tool for performing automated phenome scans in UK Biobank.
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DOI：
10.1093/ije/dyx204
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发表时间：
2018-03
影响因子：
7.7
通讯作者：
Tilling K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Millard LAC;Davies NM;Gaunt TR;Davey Smith G;Tilling K
流行病学队列通常包含多种表型，因此表型扫描的自动化是非常重要的，因为它们需要高度异质的模型。由于这个原因，迄今为止，表型扫描倾向于使用一组较小的同质表型，可以以一致的方式进行分析。我们提出PHESANT（表型扫描分析工具），一个软件包执行全面的表型扫描在英国生物银行。PHESANT测试指定性状与英国生物银行或指定子集中的所有连续，整数和分类变量的关联。PHESANT使用一种新颖的基于规则的算法来确定如何适当地测试每个特征，然后执行分析并生成图表和汇总表。PHESANT现象组扫描是在r中实现的。PHESANT包括一个新颖的Javascript D3.js可视化和附带的Java代码，可以将现象组扫描结果转换为所需的Javascript Object Notation （JSON）格式。PHESANT可在GitHub上获得[https://github.com/MRCIEU/PHESANT]]。Git标记v0.5对应于这里展示的版本。
Epidemiological cohorts typically contain a diverse set of phenotypes such that automation of phenome scans is non-trivial, because they require highly heterogeneous models. For this reason, phenome scans have to date tended to use a smaller homogeneous set of phenotypes that can be analysed in a consistent fashion. We present PHESANT (PHEnome Scan ANalysis Tool), a software package for performing comprehensive phenome scans in UK Biobank. PHESANT tests the association of a specified trait with all continuous, integer and categorical variables in UK Biobank, or a specified subset. PHESANT uses a novel rule-based algorithm to determine how to appropriately test each trait, then performs the analyses and produces plots and summary tables. The PHESANT phenome scan is implemented in R. PHESANT includes a novel Javascript D3.js visualization and accompanying Java code that converts the phenome scan results to the required JavaScript Object Notation (JSON) format. PHESANT is available on GitHub at [https://github.com/MRCIEU/PHESANT]. Git tag v0.5 corresponds to the version presented here.
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影响因子：
3.7
作者：
Patel CJ;Bhattacharya J;Butte AJ
通讯作者：
Butte AJ
影响因子：
37.8
作者：
Tzoulaki I;Patel CJ;Okamura T;Chan Q;Brown IJ;Miura K;Ueshima H;Zhao L;Van Horn L;Daviglus ML;Stamler J;Butte AJ;Ioannidis JP;Elliott P
通讯作者：
Elliott P
DOI：
10.1146/annurev-genom-090314-024956
发表时间：
2016-08-31
影响因子：
8.7
作者：
Denny JC;Bastarache L;Roden DM
通讯作者：
Roden DM
影响因子：
4.6
作者：
Millard LA;Davies NM;Timpson NJ;Tilling K;Flach PA;Davey Smith G
通讯作者：
Davey Smith G
DOI：
10.1097/ede.0000000000000641
发表时间：
2017-05
期刊：
Epidemiology (Cambridge, Mass.)
影响因子：
--
作者：
VanderWeele TJ
通讯作者：
VanderWeele TJ