A meta-analysis of genome-wide association studies identifies 17 new Parkinson's disease risk loci.
A meta-analysis of genome-wide association studies identifies 17 new Parkinson's disease risk loci.
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DOI：
10.1038/ng.3955
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发表时间：
2017-10
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Graham RR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chang D;Nalls MA;Hallgrímsdóttir IB;Hunkapiller J;van der Brug M;Cai F;International Parkinson's Disease Genomics Consortium;23andMe Research Team;Kerchner GA;Ayalon G;Bingol B;Sheng M;Hinds D;Behrens TW;Singleton AB;Bhangale TR;Graham RR
迄今为止，常见变异全基因组关联研究（GWAS）已经确定了>24个帕金森病（PD）的风险位点。为了发现更多的基因座，我们进行了一项GWAS，将6，476例PD病例与302，042例对照进行了比较，随后进行了一项荟萃分析，最近的一项研究涉及超过13，000例PD病例和95，000例对照，共有9，830个重叠变异。然后，我们在5，851例病例和5，866例对照的重复队列中检测了35个位点（P < 1 × 10−6）。我们在对26,035例病例和403,190例对照的联合分析中确定了17个新的风险位点（P < 5 × 10−8）。我们使用神经中心的策略来分配候选风险基因的位点。我们确定了蛋白质改变或顺式表达的数量性状基因座（顺式eQTL）的变异与连锁不平衡的指数变异在29个41个PD位点。这些结果表明自噬和溶酶体生物学在PD风险中的关键作用，并提出了PD的潜在新药物靶点。
Common variant genome-wide association studies (GWASs) have, to date, identified >24 risk loci for Parkinson’s disease (PD). To discover additional loci, we carried out a GWAS comparing 6,476 PD cases with 302,042 controls, followed by a meta-analysis with a recent study of over 13,000 PD cases and 95,000 controls at 9,830 overlapping variants. We then tested 35 loci (P < 1 × 10−6) in a replication cohort of 5,851 cases and 5,866 controls. We identified 17 novel risk loci (P < 5 × 10−8) in a joint analysis of 26,035 cases and 403,190 controls. We used a neurocentric strategy to assign candidate risk genes to the loci. We identified protein-altering or cis–expression quantitative trait locus (cis-eQTL) variants in linkage disequilibrium with the index variant in 29 of the 41 PD loci. These results indicate a key role for autophagy and lysosomal biology in PD risk, and suggest potential new drug targets for PD.
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Finucane HK;Bulik-Sullivan B;Gusev A;Trynka G;Reshef Y;Loh PR;Anttila V;Xu H;Zang C;Farh K;Ripke S;Day FR;ReproGen Consortium;Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium;RACI Consortium;Purcell S;Stahl E;Lindstrom S;Perry JR;Okada Y;Raychaudhuri S;Daly MJ;Patterson N;Neale BM;Price AL
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