tgCRISPRi: efficient gene knock-down using truncated gRNAs and catalytically active Cas9.
tgCRISPRi: efficient gene knock-down using truncated gRNAs and catalytically active Cas9.
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DOI：
10.1038/s41467-023-40836-3
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发表时间：
2023-09-11
影响因子：
16.6
通讯作者：
Bier, Ethan
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Auradkar, Ankush;Guichard, Annabel;Kaduwal, Saluja;Sneider, Marketta;Bier, Ethan
CRISPR干扰（CRISPRi）是一种用于使哺乳动物细胞中的基因沉默的高效方法，其采用与一种或多种向导RNA（gRNA）复合的酶促死亡形式的Cas9（dCas 9），所述向导RNA具有与靶基因的转录起始位点互补的20个核苷酸（nt）。这样的gRNA/dCas 9复合物与DNA结合，阻碍靶向基因座的转录。在这里，我们提出了一种替代的基因抑制策略，使用与截短的gRNA（tgRNA）复合的活性Cas9。Cas9/tgRNA复合物与特定靶位点结合而不触发DNA切割。当靶向转录起始位点附近时，这些短的14-15 nts tgRNA有效地抑制了黑腹果蝇整个体细胞组织中几个靶基因的表达，而不产生任何可检测的靶位点突变。当与Cas9-VPR融合蛋白复合或调节增强子活性时，tgRNA还可以激活靶基因表达，并且可以掺入基因驱动中，其中传统的gRNA维持驱动，而tgRNA抑制靶基因表达。CRISPRi用于哺乳动物细胞中的基因沉默。在这里，作者报告了一种基因抑制/激活策略，使用与截短的gRNA（tgCRISPRi/a）复合的活性Cas9，而不引起DNA切割：他们使用这种方法来抑制或激活果蝇整个体细胞组织中几个靶基因的表达。
CRISPR-interference (CRISPRi), a highly effective method for silencing genes in mammalian cells, employs an enzymatically dead form of Cas9 (dCas9) complexed with one or more guide RNAs (gRNAs) with 20 nucleotides (nt) of complementarity to transcription initiation sites of target genes. Such gRNA/dCas9 complexes bind to DNA, impeding transcription of the targeted locus. Here, we present an alternative gene-suppression strategy using active Cas9 complexed with truncated gRNAs (tgRNAs). Cas9/tgRNA complexes bind to specific target sites without triggering DNA cleavage. When targeted near transcriptional start sites, these short 14–15 nts tgRNAs efficiently repress expression of several target genes throughout somatic tissues in Drosophila melanogaster without generating any detectable target site mutations. tgRNAs also can activate target gene expression when complexed with a Cas9-VPR fusion protein or modulate enhancer activity, and can be incorporated into a gene-drive, wherein a traditional gRNA sustains drive while a tgRNA inhibits target gene expression. CRISPRi is used for gene silencing in mammalian cells. Here the authors report a gene-suppression/activation strategy using active Cas9 complexed with truncated gRNAs (tgCRISPRi/a) without causing DNA cleavage: they use this to repress or activate expression of several target genes throughout somatic tissues in Drosophila melanogaster.
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影响因子：
64.8
作者：
Konermann S;Brigham MD;Trevino AE;Joung J;Abudayyeh OO;Barcena C;Hsu PD;Habib N;Gootenberg JS;Nishimasu H;Nureki O;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1126/science.aaa5945
发表时间：
2015-04-24
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Gantz VM;Bier E
通讯作者：
Bier E
影响因子：
64.5
作者：
Hsu PD;Lander ES;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
影响因子：
56.9
作者：
Jinek, Martin;Chylinski, Krzysztof;Charpentier, Emmanuelle
通讯作者：
Charpentier, Emmanuelle