Epigenome-wide association data implicate DNA methylation as an intermediary of genetic risk in rheumatoid arthritis.
Epigenome-wide association data implicate DNA methylation as an intermediary of genetic risk in rheumatoid arthritis.
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DOI：
10.1038/nbt.2487
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发表时间：
2013-02
影响因子：
46.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
表观遗传机制整合了疾病的遗传和环境原因。对表观遗传修饰的全面全基因组分析尚未显示出与常见疾病的强大关联。利用Illumina HumanMethylation450基因阵列对354例ACPA阳性类风湿关节炎（RA）患者和337例对照患者进行检测，研究人员在MHC区域发现了两个甲基化差异可能介导RA遗传风险的基因簇。为了减少干扰先前全表观基因组研究的混杂因素，我们通过估计和调整细胞类型比例来纠正细胞异质性，并使用中介分析过滤掉可能导致疾病的关联。除平均值外，4个CpGs还显示基因型与甲基化方差相关。在独立的12例病例和12例对照中，两个集群的关联至少重复了一个CpG (p<0.01)，其余的显示暗示的关联。因此，DNA甲基化是遗传风险的潜在中介。
Epigenetic mechanisms integrate genetic and environmental causes of disease. Comprehensive genome-wide analyses of epigenetic modifications have not demonstrated robust association with common diseases. Using Illumina HumanMethylation450 arrays on 354 ACPA positive rheumatoid arthritis (RA) cases and 337 controls, we identified two clusters within the MHC region whose differential methylation potentially mediates genetic risk for RA. To reduce confounding hampering previous epigenome-wide studies, we corrected for cellular heterogeneity by estimating and adjusting for cell-type proportions and used mediation analysis to filter out associations likely consequential to disease. Four CpGs also showed association between genotype and variance of methylation in addition to mean. The associations for both clusters replicated at least one CpG (p<0.01), with the rest showing suggestive association, in monocytes in an independent 12 cases and 12 controls. Thus, DNA methylation is a potential mediator of genetic risk.
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影响因子：
--
作者：
Keenan, Brendan T.;Chibnik, Lori B.;Cui, Jing;Ding, Bo;Padyukov, Leonid;Kallberg, Henrik;Bengtsson, Camilla;Klareskog, Lars;Alfredsson, Lars;Karlson, Elizabeth W.
通讯作者：
Karlson, Elizabeth W.
影响因子：
2.9
作者：
Millstein J;Zhang B;Zhu J;Schadt EE
通讯作者：
Schadt EE
DOI：
10.1038/nrg3000
发表时间：
2011-07-12
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
通过替代变量分析捕获基因表达研究中的异质性。
影响因子：
4.5
作者：
Leek, Jeffrey T.;Storey, John D.
通讯作者：
Storey, John D.
DOI：
10.1073/pnas.0906183107
发表时间：
2010-01-26
影响因子：
11.1
作者：
Feinberg, Andrew P.;Irizarry, Rafael A.
通讯作者：
Irizarry, Rafael A.