A reassessment of DNA-immunoprecipitation-based genomic profiling.
A reassessment of DNA-immunoprecipitation-based genomic profiling.
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DOI：
10.1038/s41592-018-0038-7
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发表时间：
2018-07
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Nestor CE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lentini A;Lagerwall C;Vikingsson S;Mjoseng HK;Douvlataniotis K;Vogt H;Green H;Meehan RR;Benson M;Nestor CE
DNA免疫沉淀测序(DIP-SEQ)是分析哺乳动物基因组DNA修饰的一种常见的富集法。然而，在对同一基因组的独立研究和通过替代方法获得的图谱之间，DIP-SEQ图谱往往表现出显著的差异。在这里，我们表明，这些差异主要是由于免疫球蛋白对短的未经修饰的DNA重复的内在亲和力。这一普遍存在的实验错误解释了DIP-SEQ数据中被识别为DNA修改的“富集区”的50%-99%。这一错误的纠正深刻地改变了包括小鼠胚胎干细胞在内的多种细胞类型的DNA修饰特征，并随后揭示了DNA修饰、染色质修饰和生物过程之间的新关联。我们的结论是，匹配的输入和免疫球蛋白对照对于正确解释基于DIP的分析结果都是必不可少的，基于补充的、非抗体的技术可以用于验证基于DIP的结果，以避免进一步误解全基因组图谱数据。
DNA immunoprecipitation sequencing (DIP-seq) is a common enrichment method for profiling DNA modifications in mammalian genomes. However, DIP-seq profiles often exhibit significant variation between independent studies of the same genome and from profiles obtained by alternative methods. Here we show that these differences are primarily due to intrinsic affinity of IgG for short unmodified DNA repeats. This pervasive experimental error accounts for 50 - 99% of regions identified as ‘enriched’ for DNA modifications in DIP-seq data. Correction of this error profoundly alters DNA modification profiles for numerous cell types, including mouse embryonic stem cells, and subsequently reveals novel associations between DNA modifications, chromatin modifications and biological processes. We conclude that both matched Input and IgG controls are essential to correctly interpret the results of DIP-based assays and that complementary, non-antibody based techniques be used to validate DIP-based findings to avoid further misinterpretation of genome-wide profiling data.
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