GeMS: an advanced software package for designing synthetic genes.
GeMS: an advanced software package for designing synthetic genes.
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宝石：用于设计合成基因的高级软件包。
DOI：
10.1093/nar/gki614
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发表时间：
2005
影响因子：
14.9
通讯作者：
Santi, DV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jayaraj, S;Reid, R;Santi, DV
介绍了一种用户友好的基因设计软件包。该软件包括一套集成的程序-也作为独立的工具提供-在基因设计中自动执行以下任务：限制性位点预测，任何表达宿主的密码子优化，限制性位点包含和排除，将长序列分离成可合成的片段，Tm和茎环测定，最佳寡核苷酸组分设计和设计验证/错误检查。输出是完整的设计报告和待制备用于后续基因合成的优化寡核苷酸的列表。用户界面可容纳无经验和有经验的用户。对于没有经验的用户，提供了解释性说明，因此不需要详细的说明;对于有经验的用户，提供了一个简化的界面，没有这样的说明。该软件已在设计和成功合成超过400 kb的基因中进行了广泛的测试，其中许多基因的长度超过5 kb。
A user-friendly, advanced software package for gene design is described. The software comprises an integrated suite of programs—also provided as stand-alone tools—that automatically performs the following tasks in gene design: restriction site prediction, codon optimization for any expression host, restriction site inclusion and exclusion, separation of long sequences into synthesizable fragments, Tm and stem–loop determinations, optimal oligonucleotide component design and design verification/error-checking. The output is a complete design report and a list of optimized oligonucleotides to be prepared for subsequent gene synthesis. The user interface accommodates both inexperienced and experienced users. For inexperienced users, explanatory notes are provided such that detailed instructions are not necessary; for experienced users, a streamlined interface is provided without such notes. The software has been extensively tested in the design and successful synthesis of over 400 kb of genes, many of which exceeded 5 kb in length.
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DOI：
10.1093/protein/12.12.1113
发表时间：
1999-12-01
期刊：
PROTEIN ENGINEERING
影响因子：
--
作者：
Withers-Martinez, C;Carpenter, EP;Blackman, MJ
通讯作者：
Blackman, MJ
影响因子：
14.9
作者：
Hoover, DM;Lubkowski, J
通讯作者：
Lubkowski, J
影响因子：
3.5
作者：
STEMMER, WPC;CRAMERI, A;HEYNEKER, HL
通讯作者：
HEYNEKER, HL
影响因子：
14.9
作者：
Xiong, AS;Yao, QH;Li, Y
通讯作者：
Li, Y
DOI：
10.1073/pnas.83.11.3746
发表时间：
1986-06-01
影响因子：
11.1
作者：
BRESLAUER, KJ;FRANK, R;MARKY, LA
通讯作者：
MARKY, LA