BioPlex Display: An Interactive Suite for Large-Scale AP-MS Protein-Protein Interaction Data.
BioPlex Display: An Interactive Suite for Large-Scale AP-MS Protein-Protein Interaction Data.
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DOI：
10.1021/acs.jproteome.7b00572
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发表时间：
2018-01-05
影响因子：
4.4
通讯作者：
Gygi SP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schweppe DK;Huttlin EL;Harper JW;Gygi SP
大规模数据集的发展需要一种新的手段来向广大受众展示和传播研究成果。蛋白质相互作用(PPI)网络的知识已经成为蛋白质组学领域中许多小组的主要兴趣。在交联质谱、酵母双杂交、蛋白质共分离和亲和纯化质谱学等技术的融合下，PPI的检测可以高通量地发现新的生物推断。因此，需要新的平台来提供对大型数据集的社区访问。为此，我们开发了一个Web应用程序，可以探索和传播不断增长的BioPlex交互网络。BioPlex是基于来自人类或基因组的诱饵的AP-MS的大规模交互组数据集。最新的BioPlex数据集发布(BioPlex 2.0)包含来自5891个AP-MS实验的56 553个相互作用。为了改善社区对这一庞大互动概要的访问，我们开发了BioPlex Display，它在易于使用的移动Web应用程序中集成了个人蛋白质查询、经验数据访问和网络即时注释。BioPlex Display使人们能够从BioPlex快速获取数据，并基于蛋白质相互作用开发假说。
The development of large-scale data sets requires a new means to display and disseminate research studies to large audiences. Knowledge of protein–protein interaction (PPI) networks has become a principle interest of many groups within the field of proteomics. At the confluence of technologies, such as cross-linking mass spectrometry, yeast two-hybrid, protein cofractionation, and affinity purification mass spectrometry (AP–MS), detection of PPIs can uncover novel biological inferences at a high-throughput. Thus new platforms to provide community access to large data sets are necessary. To this end, we have developed a web application that enables exploration and dissemination of the growing BioPlex interaction network. BioPlex is a large-scale interactome data set based on AP–MS of baits from the human ORFeome. The latest BioPlex data set release (BioPlex 2.0) contains 56 553 interactions from 5891 AP–MS experiments. To improve community access to this vast compendium of interactions, we developed BioPlex Display, which integrates individual protein querying, access to empirical data, and on-the-fly annotation of networks within an easy-to-use and mobile web application. BioPlex Display enables rapid acquisition of data from BioPlex and development of hypotheses based on protein interactions.
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通讯作者：
Harper JW