Pooled genetic perturbation screens with image-based phenotypes.
Pooled genetic perturbation screens with image-based phenotypes.
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DOI：
10.1038/s41596-021-00653-8
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发表时间：
2022-02
期刊：
影响因子：
14.8
通讯作者：
Blainey, Paul C.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Feldman, David;Funk, Luke;Le, Anna;Carlson, Rebecca J.;Leiken, Michael D.;Tsai, FuNien;Soong, Brian;Singh, Avtar;Blainey, Paul C.
通过将高效、可编程的基因工程与高空间、时间和/或分子分辨率的表型读出相结合，正在迅速加速基础和疾病相关过程的遗传组分的发现。显微镜是研究细胞生物学的基本工具，但其缺乏高通量序列读出阻碍了大规模遗传筛选的整合。使用原位测序的光学合并筛选提供了条形码化慢病毒文库（例如，CRISPR微扰文库）与高含量成像测定，包括活细胞中的动态过程。该方案使用标准慢病毒载体和分子生物学，提供表型和工程基因型的单细胞分辨率，可扩展到数百万个细胞，以及足以区分>106个扰动的准确序列读数。原位扩增需要约2天，而测序可以在每个循环约1.5小时内进行。所提供的图像分析管道能够使用云或集群计算环境进行完全并行的自动测序分析。
Discovery of the genetic components underpinning fundamental and disease-related processes is being rapidly accelerated by combining efficient, programmable genetic engineering with phenotypic readouts of high spatial, temporal, and/or molecular resolution. Microscopy is a fundamental tool for studying cell biology, but its lack of high-throughput sequence readouts hinders integration in large-scale genetic screens. Optical pooled screens using in situ sequencing provide massively scalable integration of barcoded lentiviral libraries (e.g., CRISPR perturbation libraries) with high-content imaging assays, including dynamic processes in live cells. The protocol uses standard lentiviral vectors and molecular biology, providing single-cell resolution of phenotype and engineered genotype, scalability to millions of cells, and accurate sequence reads sufficient to distinguish >106 perturbations. In situ amplification takes ~2 days, while sequencing can be performed in ~1.5 hours per cycle. The image analysis pipeline provided enables fully parallel automated sequencing analysis using a cloud or cluster computing environment.
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影响因子：
64.5
作者：
Jaitin, Diego Adhemar;Weiner, Assaf;Amit, Ido
通讯作者：
Amit, Ido
影响因子：
14.8
作者：
Biederer, Thomas;Scheiffele, Peter
通讯作者：
Scheiffele, Peter
影响因子：
64.5
作者：
Feldman, David;Singh, Avtar;Blainey, Paul C.
通讯作者：
Blainey, Paul C.
影响因子：
48
作者：
Caicedo JC;Cooper S;Heigwer F;Warchal S;Qiu P;Molnar C;Vasilevich AS;Barry JD;Bansal HS;Kraus O;Wawer M;Paavolainen L;Herrmann MD;Rohban M;Hung J;Hennig H;Concannon J;Smith I;Clemons PA;Singh S;Rees P;Horvath P;Linington RG;Carpenter AE
通讯作者：
Carpenter AE
影响因子：
16
作者：
Cohen-Saidon, Cellina;Cohen, Ariel A.;Alon, Uri
通讯作者：
Alon, Uri