Linkage analysis of alcohol dependence using MOD scores
Linkage analysis of alcohol dependence using MOD scores
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使用 MOD 评分进行酒精依赖的连锁分析
作者：
K. Strauch;R. Fürst;F. Rüschendorf;C. Windemuth;J. Dietter;A. Flaquer;M. Baur;T. Wienker
酒精依赖是一种复杂特征的典型例子，这种特征是由几种基因控制的，其遗传方式尚不清楚。我们分析了酒精中毒家族遗传合作研究样本的一个子集的微卫星标记和Affymetrix单核苷酸多态性（snp），该样本包括93个白种人血统的谱系，包括919人，其中390人根据DSM III-R和Feighner标准受到影响。特别是，我们使用linkage软件包的MLINK进行了参数化单标记连锁分析（用于微卫星数据），并使用genehunt - modscore进行了多点MOD-score分析（用于微卫星和SNP数据）。通过使用两个责任等级，分配了不同的外显率给男性和女性。为了研究亲本效应，我们计算了有和没有印记性状模型下的MOD分数。此外，对于微卫星数据，MOD-score分析采用性别平均和性别特异性图谱。最高的连锁峰位于染色体1、2、7、10、12、13、15和21上。在染色体2、10、12、13、15和21的位点上有父本印迹的证据。在7号染色体上的两个位点观察到母体印迹的倾向。我们的研究结果强调了这样一个事实，即基因型-表型关系的充分建模对于复杂性状的遗传作图至关重要。
Alcohol dependence is a typical example of a complex trait that is governed by several genes and for which the mode of inheritance is unknown. We analyzed the microsatellite markers and the Affymetrix single-nucleotide polymorphisms (SNPs) for a subset of the Collaborative Study on the Genetics of Alcoholism family sample, 93 pedigrees of Caucasian ancestry comprising 919 persons, 390 of whom are affected according to DSM III-R and Feighner criteria. In particular, we performed parametric single-marker linkage analysis using MLINK of the LINKAGE package (for the microsatellite data), as well as multipoint MOD-score analysis with GENEHUNTER-MODSCORE (for the microsatellite and SNP data). By use of two liability classes, different penetrances were assigned to males and females. In order to investigate parent-of-origin effects, we calculated MOD scores under trait models with and without imprinting. In addition, for the microsatellite data, the MOD-score analysis was performed with sex-averaged as well as sex-specific maps. The highest linkage peaks were obtained on chromosomes 1, 2, 7, 10, 12, 13, 15, and 21. There was evidence for paternal imprinting at the loci on chromosomes 2, 10, 12, 13, 15, and 21. A tendency to maternal imprinting was observed at two loci on chromosome 7. Our findings underscore the fact that an adequate modeling of the genotype-phenotype relation is crucial for the genetic mapping of a complex trait.
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当单基因座连锁分析在模型上最大化时，I 型误差的大小：模拟研究。
影响因子：
9.8
作者：
Hodge,SE;Abreu,PC;Greenberg,DA
通讯作者：
Greenberg,DA
影响因子：
9.8
作者：
Huang, QQ;Shete, S;Amos, CI
通讯作者：
Amos, CI
参数连锁分析。
DOI：
10.1385/1-59259-176-0:013
发表时间：
2002
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Palmer,LyleJ;Schnell,AudreyH;Witte,JohnS;Elston,RobertC
通讯作者：
Elston,RobertC
通过缩小遗传空间实现高效的多点联系分析
影响因子：
9.8
作者：
Markianos, K;Daly, MJ;Kruglyak, L
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作者：
RISCH, N;GIUFFRA, L
通讯作者：
GIUFFRA, L