Compendium of synovial signatures identifies pathologic characteristics for predicting treatment response in rheumatoid arthritis patients.
Compendium of synovial signatures identifies pathologic characteristics for predicting treatment response in rheumatoid arthritis patients.
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DOI：
10.1016/j.clim.2019.03.002
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发表时间：
2019-05
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tagkopoulos I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim KJ;Kim M;Adamopoulos IE;Tagkopoulos I
我们描述了一种新的RA滑膜转录谱整合方法，以提供对药物反应的预测性见解。由256个RA滑膜样本组成的标准化纲要涵盖了来自11个数据集的11,769个基因的交叉点，与OA患者和健康对照的类似数据集进行了比较。ra相关通路激活评分和四种机器学习分类技术导致患者治疗反应的预测模型。我们确定了876个上调的deg，包括24个已知的遗传危险因素和8个药物靶点。基于deg的亚分组显示3个不同的RA患者群具有不同的RA相关通路的活动特征。在英夫利昔单抗的情况下，我们构建了一个高度准确的药物反应分类器，AUC/AUPR为0.92/0.86。我们的工作表明，标准化滑膜转录组纲要的构建和分析可以为理解ra相关通路的参与和个体患者的药物反应提供有用的见解。
We describe a novel integration method for RA synovial transcriptional profiling to provide predictive insights on drug responses. A normalized compendium consisting of 256 RA synovial samples that cover an intersection of 11,769 genes from 11 datasets was compared with similar datasets derived from OA patients and healthy controls. RA-relevant pathway activation scores and four machine learning classification techniques led to a predictive model of patient treatment response. We identified 876 up-regulated DEGs including 24 known genetic risk factors and 8 drug targets. DEG-based subgrouping revealed 3 distinct RA patient clusters with distinct activity signatures for RA-relevant pathways. In the case of infliximab, we constructed a classifier of drug response that was highly accurate with an AUC/AUPR of 0.92/0.86. Our work argues that the construction and analysis of normalized synovial transcriptomic compendia can provide useful insights for understanding RA-related pathway involvement and drug responses for individual patients.
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影响因子：
12.3
作者：
Levine, David M.;Haynor, David R.;Johnson, Jason M.
通讯作者：
Johnson, Jason M.
DOI：
10.4137/grsb.s702
发表时间：
2008-05-15
期刊：
Gene regulation and systems biology
影响因子：
--
作者：
Koschützki D;Schreiber F
通讯作者：
Schreiber F
DOI：
10.1002/art.39027
发表时间：
2015-05
期刊：
Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Miner JJ;Aw-Yeang HX;Fox JM;Taffner S;Malkova ON;Oh ST;Kim AHJ;Diamond MS;Lenschow DJ;Yokoyama WM
通讯作者：
Yokoyama WM
DOI：
10.1073/pnas.0308531101
发表时间：
2004-03-23
影响因子：
11.1
作者：
Brunet, JP;Tamayo, P;Mesirov, JP
通讯作者：
Mesirov, JP
DOI：
10.1038/tpj.2013.48
发表时间：
2014-04
期刊：
The pharmacogenomics journal
影响因子：
--
作者：
Burska AN;Roget K;Blits M;Soto Gomez L;van de Loo F;Hazelwood LD;Verweij CL;Rowe A;Goulielmos GN;van Baarsen LG;Ponchel F
通讯作者：
Ponchel F