ORFcor: identifying and accommodating ORF prediction inconsistencies for phylogenetic analysis.
ORFcor: identifying and accommodating ORF prediction inconsistencies for phylogenetic analysis.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0058387
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Currie CR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Klassen JL;Currie CR
现代基因组测序项目需要高通量注释开放阅读框(ORF)，这就需要计算程序有时不一致地注释同源ORF。这种不一致阻碍了比较分析，因为它们不一致地延长或截断5‘和/或3’序列末端，导致实际上与人为相同的ORF出现分歧。虽然在全基因组注释过程中存在纠正这种不一致的策略，但缺乏设计用于在不重新注释基因组的情况下纠正这些数据子集的同等软件。因此，我们开发了ORFcor，它使用从密切相关的同源词集派生的一致开始和结束位置来纠正注释不一致。ORFcor在不同的测试数据集中纠正不一致的ORF注释，当有足够相关的直系物(例如，来自同一分类家族)可用于比较时，其特异度和敏感度接近100%。ORFcor包是用Perl实现的，以多线程方式处理大型数据集，包括促进高通量系统基因组分析的相关脚本，并可在www.currielab.witc.edu/downloads.html上免费获得。
The high-throughput annotation of open reading frames (ORFs) required by modern genome sequencing projects necessitates computational protocols that sometimes annotate orthologous ORFs inconsistently. Such inconsistencies hinder comparative analyses by non-uniformly extending or truncating 5′ and/or 3′ sequence ends, causing ORFs that are in fact identical to artificially diverge. Whereas strategies exist to correct such inconsistencies during whole-genome annotation, equivalent software designed to correct subsets of these data without genome reannotation is lacking. We therefore developed ORFcor, which corrects annotation inconsistencies using consensus start and stop positions derived from sets of closely related orthologs. ORFcor corrects inconsistent ORF annotations in diverse test datasets with specificities and sensitivities approaching 100% when sufficiently related orthologs (e.g., from the same taxonomic family) are available for comparison. The ORFcor package is implemented in Perl, multithreaded to handle large datasets, includes related scripts to facilitate high-throughput phylogenomic analyses, and is freely available at www.currielab.wisc.edu/downloads.html.
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