High-quality genome sequences of uncultured microbes by assembly of read clouds.
High-quality genome sequences of uncultured microbes by assembly of read clouds.
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DOI：
10.1038/nbt.4266
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发表时间：
2018-10-15
影响因子：
46.9
通讯作者：
Bhatt AS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bishara A;Moss EL;Kolmogorov M;Parada AE;Weng Z;Sidow A;Dekas AE;Batzoglou S;Bhatt AS
尽管微生物组样品的鸟枪宏基因组测序能够部分重建菌株水平的群落结构，但在没有分离和培养的情况下仍然难以获得高质量的微生物基因组草图。在这里，我们提出了一种新的应用程序的阅读云，短读序列标记的远程信息，微生物组样本。我们提出雅典娜，从头组装，使用读取云，以提高宏基因组组装。我们应用这种方法对来自两个健康个体的粪便样本进行测序，并将其与现有的短读段和合成长读段宏基因组测序技术进行比较。读取云宏基因组测序和Athena组装产生具有高邻接性（>200 kbp N50，<10个重叠群）的最完整的个体基因组草图，即使对于具有相对低（20 x）原始短读取序列覆盖率的细菌也是如此。我们还对一个复杂的海洋沉积物样本进行了测序，并生成了24个中等质量的基因组草图（>70%完整，<10%污染），其中9个是完整的（>90%完整，<5%污染）。因此，我们的方法允许使用单个鸟枪实验无培养生成高质量的微生物基因组草图。
Although shotgun metagenomic sequencing of microbiome samples enables partial reconstruction of the strain-level community structure, it remains difficult to obtain high-quality microbial genome drafts without isolation and culture. Here we present a novel application of read clouds, short read sequences tagged with long-range information, to microbiome samples. We present Athena, a de novo assembler that uses read clouds to improve metagenomic assemblies. We apply this approach to sequence stool samples from two healthy individuals, and compare it to existing short-read and synthetic long-read metagenomic sequencing techniques. Read cloud metagenomic sequencing and Athena assembly produce the most complete individual genome drafts with high contiguity (>200 kbp N50, <10 contigs), even for bacteria that have relatively low (20x) raw short-read sequence coverage. We also sequence a complex marine sediment sample and generate 24 intermediate-quality genome drafts (>70% complete, <10% contaminated), nine of which are complete (>90% complete, <5% contaminated). Thus, our approach allows culture-free generation of high-quality microbial genome drafts using a single shotgun experiment.
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影响因子：
15.5
作者：
Baker BJ;Lazar CS;Teske AP;Dick GJ
通讯作者：
Dick GJ
DOI：
10.1038/ismej.2015.37
发表时间：
2015-11
期刊：
The ISME journal
影响因子：
--
作者：
Eyice Ö;Namura M;Chen Y;Mead A;Samavedam S;Schäfer H
通讯作者：
Schäfer H
影响因子：
2.7
作者：
Kang DD;Froula J;Egan R;Wang Z
通讯作者：
Wang Z
影响因子：
1.7
作者：
Bankevich, Anton;Nurk, Sergey;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
影响因子：
64.8
作者：
Brown, Christopher T.;Hug, Laura A.;Banfield, Jillian F.
通讯作者：
Banfield, Jillian F.