Chemical informatics and target identification in a zebrafish phenotypic screen.
Chemical informatics and target identification in a zebrafish phenotypic screen.
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DOI：
10.1038/nchembio.732
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发表时间：
2011-12-18
影响因子：
14.8
通讯作者：
Shoichet, Brian K.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Laggner, Christian;Kokel, David;Setola, Vincent;Tolia, Alexandra;Lin, Henry;Irwin, John J.;Keiser, Michael J.;Cheung, Chung Yan J.;Minor, Daniel L., Jr.;Roth, Bryan L.;Peterson, Randall T.;Shoichet, Brian K.
目标识别是化学遗传学中的一个核心挑战。在这里，我们使用化学相似性来计算预测在斑马鱼行为测试中活跃的586种化合物的目标。在测试的20个预测中，11个在预测目标上的活动范围从1到10,000纳米。其中两个靶点的作用在最初的斑马鱼表型中进行了测试。根据化学类型预测靶点是快速的，可能是普遍适用的。
Target identification is a core challenge in chemical genetics. Here we use chemical similarity to predict computationally the targets of 586 compounds active in a zebrafish behavioral assay. Of 20 predictions tested, 11 had activities ranging from 1 to 10,000nM on the predicted targets. The role of two of these targets was tested in the original zebrafish phenotype. Prediction of targets from chemotype is rapid and may be generally applicable.
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--
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