老鹰茶主要基源植物的基因组大小及特征分析
老鹰茶主要基源植物的基因组大小及特征分析
复制标题
DOI：
10.13430/j.cnki.jpgr.20211222004
复制
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
熊彪
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
哈登龙;石冠红;刘争;熊彪
老鹰茶是一种重要的民族特色类茶饮品和保健茶，在我国民间有着较长的饮用历史。用于制作老鹰茶的基源植物主要为 5 种樟科植物（毛豹皮樟、狭叶润楠、川黔润楠、红果黄肉楠和香叶子），其遗传学与分子生物学等方面的基础研究十分缺乏，导致老鹰茶树种质资源发掘与利用等工作支撑理论薄弱，制约了产业发展。本研究首次利用流式细胞术和 K-mer 频数分析 2 种方法对 5 种老鹰茶树的基因组大小及基本特征进行了分析。流式细胞术以番茄（929 Mb）和水稻（430 Mb）为对照标品；K-mer 频数分析基于 5 个物种基因组 DNA 的 Illumina 测序数据（深度 50×以上）进行。主要研究结果如下：（1）通过流式细胞术测定的毛豹皮樟基因组大小约为 1150.56 Mb，狭叶润楠约为 999.83 Mb，川黔润楠约为 1471.99 Mb，红果黄肉楠约为 1123.42 Mb，香叶子约为 1350.06 Mb；（2）K-mer 频数分析估测毛豹皮樟基因组大小为 1025.91 Mb，杂合率为 1.29%，重复率为 49.98%；狭叶润楠基因组大小为 1024.79 Mb，杂合率为 1.41%，重复率为 42.51%；川黔润楠基因组大小为 1234.90 Mb，杂合率为 1.23%，重复率为 50.86%；红果黄肉楠基因组大小为 1014.27 Mb，杂合率为 1.32%，重复率为 41.82%；香叶子基因组大小为 1258.00 Mb，杂合率为 0.74%，重复率为 54.89%；（3）毛豹皮樟、狭叶润楠、川黔润楠和红果黄肉楠 4 种老鹰茶树属于高杂合基因组，香叶子属于微杂合基因组，而这 5 个物种的基因组重复度都属于中等。本研究的结果为后续的老鹰茶树单个物种基因组测序策略或泛基因组研究计划等工作提供了可参考的基础数据。