Quantitative transcriptomics using designed primer-based amplification.
Quantitative transcriptomics using designed primer-based amplification.
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DOI：
10.1038/srep01740
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发表时间：
2013
影响因子：
4.6
通讯作者：
Subramaniam, Shankar
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bhargava, Vipul;Ko, Pang;Willems, Erik;Mercola, Mark;Subramaniam, Shankar
我们开发了一种新的基于设计引物的RNA测序策略（DP-seq），该策略使用一组定义的七聚体引物从有限量的mRNA中扩增大部分表达的转录本，同时保留其相对丰度。我们的策略可重复地从低至50皮克的mRNA产生高水平的扩增，同时提供超过五个数量级的RNA浓度的动态范围。我们还证明了DP-seq在我们的测序文库中选择性抑制高表达核糖体转录物扩增超过70%的潜力。利用胚胎干细胞培养物中的谱系分离作为早期哺乳动物胚胎发生的模型，DP-seq揭示了一组新的低丰度转录本，其中一些对应于细胞后代出现之前的身份，反映了实际种系分离之前细胞命运的指定。
We developed a novel Designed Primer-based RNA-sequencing strategy (DP-seq) that uses a defined set of heptamer primers to amplify the majority of expressed transcripts from limiting amounts of mRNA, while preserving their relative abundance. Our strategy reproducibly yielded high levels of amplification from as low as 50 picograms of mRNA while offering a dynamic range of over five orders of magnitude in RNA concentrations. We also demonstrated the potential of DP-seq to selectively suppress the amplification of the highly expressing ribosomal transcripts by more than 70% in our sequencing library. Using lineage segregation in embryonic stem cell cultures as a model of early mammalian embryogenesis, DP-seq revealed novel sets of low abundant transcripts, some corresponding to the identity of cellular progeny before they arise, reflecting the specification of cell fate prior to actual germ layer segregation.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr247
发表时间：
2011-07-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Łabaj PP;Leparc GG;Linggi BE;Markillie LM;Wiley HS;Kreil DP
通讯作者：
Kreil DP
影响因子：
14.9
作者：
Hansen KD;Brenner SE;Dudoit S
通讯作者：
Dudoit S
影响因子：
8
作者：
Marguerat, Samuel;Baehler, Juerg
通讯作者：
Baehler, Juerg
影响因子：
14.8
作者：
Chen, Baozhi;Dodge, Michael E.;Tang, Wei;Lu, Jianming;Ma, Zhiqiang;Fan, Chih-Wei;Wei, Shuguang;Hao, Wayne;Kilgore, Jessica;Williams, Noelle S.;Roth, Michael G.;Amatruda, James F.;Chen, Chuo;Lum, Lawrence
通讯作者：
Lum, Lawrence
影响因子：
16
作者：
Labbe, E;Silvestri, C;Attisano, L
通讯作者：
Attisano, L