Next-generation sequencing of mixed genomic DNA allows efficient assembly of rearranged mitochondrial genomes in Amolops chunganensis and Quasipaa boulengeri.
Next-generation sequencing of mixed genomic DNA allows efficient assembly of rearranged mitochondrial genomes in Amolops chunganensis and Quasipaa boulengeri.
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混合基因组 DNA 的新一代测序可有效组装 Amolops chunganensis 和 Quasipaa boulengeri 中重排的线粒体基因组
作者：
Yuan S;Xia Y;Zheng Y;Zeng X
下一代测序（NGS）技术的最新改进可以促进线粒体基因组的获得。然而，目前尚不清楚NGS是否可以有效地用于重建具有高度基因重排的有丝分裂基因组。这些高度重排会导致扩增失败，和/或组装和比对错误。在这里，我们选择了两个青蛙基因重排的顺序，松干湍蛙和Quasipaa boulengeri，以测试是否基因重排影响有丝分裂基因组组装和比对使用NGS。通过Illumina MiSeq基因组测序对具有基因重排的有丝分裂基因组进行测序，并通过Trinity v2.1.0和SOAPdenovo 2有效组装。A.有丝分裂基因组的基因顺序和含量。chunganensis和Q. boulengeri是典型的neobatrachian模式，除了在“WANCY”tRNA基因簇的位置重排。此外，Q. boulengeri的特征在于trnM的串联重复。此外，我们还利用了A. chunganensis、松毛虫Q. boulengeri和其他新巴特类动物的线粒体基因组序列构建系统发育树，以评估A. chunganensis和Q.布伦格里。在这项工作中，我们提供了几乎完整的线粒体基因组的A。chunganensis和Q.布伦格里。
Recent improvements in next-generation sequencing (NGS) technologies can facilitate the obtainment of mitochondrial genomes. However, it is not clear whether NGS could be effectively used to reconstruct the mitogenome with high gene rearrangement. These high rearrangements would cause amplification failure, and/or assembly and alignment errors. Here, we choose two frogs with rearranged gene order, Amolops chunganensis and Quasipaa boulengeri, to test whether gene rearrangements affect the mitogenome assembly and alignment by using NGS. The mitogenomes with gene rearrangements are sequenced through Illumina MiSeq genomic sequencing and assembled effectively by Trinity v2.1.0 and SOAPdenovo2. Gene order and contents in the mitogenome of A. chunganensis and Q. boulengeri are typical neobatrachian pattern except for rearrangements at the position of “WANCY” tRNA genes cluster. Further, the mitogenome of Q. boulengeri is characterized with a tandem duplication of trnM. Moreover, we utilize 13 protein-coding genes of A. chunganensis, Q. boulengeri and other neobatrachians to reconstruct the phylogenetic tree for evaluating mitochondrial sequence authenticity of A. chunganensis and Q. boulengeri. In this work, we provide nearly complete mitochondrial genomes of A. chunganensis and Q. boulengeri.
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