Improved Analysis of RNA Localization by Spatially Restricted Oxidation of RNA-Protein Complexes.
Improved Analysis of RNA Localization by Spatially Restricted Oxidation of RNA-Protein Complexes.
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DOI：
10.1021/acs.biochem.8b00053
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发表时间：
2018-03-13
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Spitale RC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li Y;Aggarwal MB;Ke K;Nguyen K;Spitale RC
最近对转录组的分析表明，RNA除了编码蛋白质外，还具有无数的功能。RNA功能的关键是其运输到独特的亚细胞位置。尽管RNA定位的重要性，但以公正的方式进行研究仍然非常具有挑战性。我们最近描述了通过空间限制的核碱基氧化在亚细胞位置内标记RNA分子的能力。在这里，我们描述了一个戏剧性的改进，这一协议通过局部氧化和标记的蛋白质。RNA-蛋白质复合物的分离使得能够在染色质上富集具有挑战性的RNA靶标，并提出了用于分析活细胞内RNA亚细胞定位的相当优化的方案。作者需要提交一个目录（TOC）的图形条目，与手稿标题一起，应该给读者以下之一的代表性想法：关键结构，反应，方程，概念或定理等，在手稿中讨论过。参考杂志的作者指南，了解TOC图形规范。
Recent analysis of transcriptomes has revealed that RNAs perform a myriad of functions beyond coding for proteins. Critical to RNA function is its transport to unique subcellular locations. Despite the importance of RNA localization it is still very challenging to study in an unbiased manner. We recently described the ability to tag RNA molecules within subcellular locations through spatially-restricted nucleobase oxidation. Herein we describe a dramatic improvement of this protocol through the localized oxidation and tagging of proteins. Isolation of RNA-protein complexes enabled the enrichment of challenging RNA targets on chromatin and presented a considerably optimized protocol for the analysis of RNA subcellular localization within living cells. Authors are required to submit a graphic entry for the Table of Contents (TOC) that, in conjunction with the manuscript title, should give the reader a representative idea of one of the following: A key structure, reaction, equation, concept, or theorem, etc., that is discussed in the manuscript. Consult the journal’s Instructions for Authors for TOC graphic specifications.
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DOI：
10.1126/science.1252966
发表时间：
2014-09-12
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Rinn J;Guttman M
通讯作者：
Guttman M
影响因子：
14.9
作者：
Lan L;Nakajima S;Wei L;Sun L;Hsieh CL;Sobol RW;Bruchez M;Van Houten B;Yasui A;Levine AS
通讯作者：
Levine AS
影响因子：
3.7
作者：
Shaffer SM;Wu MT;Levesque MJ;Raj A
通讯作者：
Raj A
影响因子：
4.3
作者：
Liu EY;Cali CP;Lee EB
通讯作者：
Lee EB
影响因子：
6.1
作者：
Mortensen, A;Skibsted, LH
通讯作者：
Skibsted, LH