A Polynomial-Time Algorithm for Minimizing the Deep Coalescence Cost for Level-1 Species Networks
A Polynomial-Time Algorithm for Minimizing the Deep Coalescence Cost for Level-1 Species Networks
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一种最小化 1 级物种网络深度合并成本的多项式时间算法
DOI：
10.1109/tcbb.2021.3105922
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Wu, Yi-Chieh
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
LeMay, Matthew;Libeskind-Hadas, Ran;Wu, Yi-Chieh
系统发育分析通常假设物种的历史可以用一棵树来表示。然而，在杂交的存在下，物种历史更准确地被捕获为网络。尽管在系统发育网络建模方面取得了一些进展，但还没有已知的多项式时间算法来简约地协调基因树与物种网络，同时考虑不完整的谱系排序。为了解决这个问题，我们提出了一个多项式时间算法的情况下，1级网络，其中没有杂交物种是另一个杂交物种的直接祖先。这项工作使基因树与物种网络能够更有效地协调，这反过来又使物种网络能够更有效地重建。
Phylogenetic analyses commonly assume that the species history can be represented as a tree. However, in the presence of hybridization, the species history is more accurately captured as a network. Despite several advances in modeling phylogenetic networks, there is no known polynomial-time algorithm for parsimoniously reconciling gene trees with species networks while accounting for incomplete lineage sorting. To address this issue, we present a polynomial-time algorithm for the case of level-1 networks, in which no hybrid species is the direct ancestor of another hybrid species. This work enables more efficient reconciliation of gene trees with species networks, which in turn, enables more efficient reconstruction of species networks.
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