Coarse-grained conformational surface hopping: Methodology and transferability.
Coarse-grained conformational surface hopping: Methodology and transferability.
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粗粒构象表面跳跃：方法论和可转移性。
DOI：
--
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发表时间：
2020
影响因子：
4.4
通讯作者：
T. Bereau
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
J. F. Rudzinski;T. Bereau
粗粒(CG)构象表面跃迁(SH)采用了多表面动力学的概念，该概念最初是为了描述化学反应中的电子跃迁，以在简化的水平上精确地描述经典分子动力学。SH方案耦合了不同的构象盆地(状态)，每个盆地(状态)都由其自己的力场(表面)描述，导致了对平均力的多体势的近似的显著改进[T.Bereau和J.F.Rudzinski，Phys。莱特牧师。121,256002(2018年)]。本研究首先通过一个玩具模型和一个正己烷的三珠模型更详细地描述了CG SH。我们进一步将该方法扩展到非键相互作用，并报告了其对液体性质的影响。最后，我们通过一个简单的状态概率的调整，研究了表面到不同系统和热力学状态点的可转换性。特别是，对温度和化学成分变化的应用与参考原子计算显示出很好的一致性，引入了一种有希望的“弱可转移性机制”，在这种机制下，CG力场可以在热力学和化学邻域之间共享。
Coarse-grained (CG) conformational surface hopping (SH) adapts the concept of multisurface dynamics, initially developed to describe electronic transitions in chemical reactions, to accurately describe classical molecular dynamics at a reduced level. The SH scheme couples distinct conformational basins (states), each described by its own force field (surface), resulting in a significant improvement of the approximation to the many-body potential of mean force [T. Bereau and J. F. Rudzinski, Phys. Rev. Lett. 121, 256002 (2018)]. The present study first describes CG SH in more detail, through both a toy model and a three-bead model of hexane. We further extend the methodology to non-bonded interactions and report its impact on liquid properties. Finally, we investigate the transferability of the surfaces to distinct systems and thermodynamic state points, through a simple tuning of the state probabilities. In particular, applications to variations in temperature and chemical composition show good agreement with reference atomistic calculations, introducing a promising "weak-transferability regime," where CG force fields can be shared across thermodynamic and chemical neighborhoods.
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代表粗粒肽模型中环境诱导的螺旋-螺旋转变
DOI：
10.1140/epjst/e2016-60147-8
发表时间：
2016
期刊：
The European Physical Journal Special Topics
影响因子：
--
作者：
C. Dalgicdir;C. Globisch;M. Sayar;C. Peter
通讯作者：
C. Peter
DOI：
10.1140/epjst/e2015-02407-x
发表时间：
2015-06
期刊：
The European Physical Journal Special Topics
影响因子：
--
作者：
M. Guenza
通讯作者：
M. Guenza
影响因子：
1.2
作者：
Szukalo, Ryan J.;Noid, W. G.
通讯作者：
Noid, W. G.
影响因子：
18.2
作者：
Wang, Jiang;Olsson, Simon;Clementi, Cecilia
通讯作者：
Clementi, Cecilia