Active mesh and neural network pipeline for cell aggregate segmentation
Active mesh and neural network pipeline for cell aggregate segmentation
复制标题
用于细胞聚集体分割的主动网格和神经网络管道
DOI：
10.1101/2023.02.17.528925
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Smith M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Smith M
由于显微技术的能力和准确性的提高，在3D中分割细胞聚集体中的细胞是细胞生物学中的一个日益严峻的挑战。在这里，我们描述了一种在3D中分割细胞聚集体图像的管道。该管道将神经网络分段与主动网格相结合。我们将我们的分割方法应用于用斜面显微镜(一种高通量光片荧光显微镜技术)成像超过24小时的培养的小鼠乳腺器官。我们表明，我们的方法也可以应用于用旋转圆盘显微镜成像的小鼠胚胎干细胞的图像。我们根据细胞核和细胞膜荧光标记分割单个细胞，并随着时间的推移跟踪细胞。我们描述了量化自动分割质量的指标。我们的分割流程涉及一个斐济插件，该插件实现主动网格变形，并允许用户创建训练数据、从原始图像数据或神经网络预测自动获得分割网格，以及手动精选分割数据以识别和纠正错误。我们的基于主动网格的方法便于分割、后处理、校正以及与神经网络预测的集成。
Segmenting cells within cellular aggregates in 3D is a growing challenge in cell biology due to improvements in capacity and accuracy of microscopy techniques. Here, we describe a pipeline to segment images of cell aggregates in 3D. The pipeline combines neural network segmentations with active meshes. We apply our segmentation method to cultured mouse mammary gland organoids imaged over 24 h with oblique plane microscopy, a high-throughput light-sheet fluorescence microscopy technique. We show that our method can also be applied to images of mouse embryonic stem cells imaged with a spinning disc microscope. We segment individual cells based on nuclei and cell membrane fluorescent markers, and track cells over time. We describe metrics to quantify the quality of the automated segmentation. Our segmentation pipeline involves a Fiji plugin that implements active mesh deformation and allows a user to create training data, automatically obtain segmentation meshes from original image data or neural network prediction, and manually curate segmentation data to identify and correct mistakes. Our active meshes-based approach facilitates segmentation postprocessing, correction, and integration with neural network prediction.
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DOI：
10.1016/j.cub.2022.03.004
发表时间：
2022-05-09
期刊：
Current biology : CB
影响因子：
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作者：
Hecht S;Perez-Mockus G;Schienstock D;Recasens-Alvarez C;Merino-Aceituno S;Smith M;Salbreux G;Degond P;Vincent JP
通讯作者：
Vincent JP
小鼠胚胎干细胞无需基因操作即可分化为滋养外胚层
DOI：
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发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
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作者：
Hayashi Y;et. al.
通讯作者：
et. al.
使用 3D U-Net 高精度提取气管和支气管
DOI：
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
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作者：
小笠 竜哉;黒田 陸斗;河田 佳樹;鈴木 秀宣;松元 祐司;土田 敬明;楠本 昌彦;仁木 登
通讯作者：
仁木 登
利用Cre/loxP基因信息修饰技术进行硬组织研究
DOI：
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
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作者：
Komazawa Yukitsugu;Murayama Hiroshi;Harata Noboru;Takami Kiyoshi;Parady Giancarlos Troncoso;溝口利英
通讯作者：
溝口利英
双视角斜平面显微镜 (dOPM)
DOI：
10.1101/2020.09.24.311613
发表时间：
2020
期刊：
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影响因子：
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作者：
Sparks H
通讯作者：
Sparks H