Detecting local haplotype sharing and haplotype association.
Detecting local haplotype sharing and haplotype association.
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DOI：
10.1534/genetics.114.164814
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发表时间：
2014-07
期刊：
影响因子：
3.3
通讯作者：
Guan Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu H;Guan Y
提出了一种新的单倍型关联方法，并证明了其威力。依靠连锁不平衡 (LD) 的统计模型，该方法首先推断每个个体的祖先单倍型及其每个标记的负载。然后使用负载来量化每个标记处个体之间的局部单倍型共享。开发了一个统计模型来将局部单倍型共享和表型联系起来以测试关联。我们设计了一种新的方法来拟合 LD 模型，将复杂性从假定的二次降低到线性（以祖先单倍型的数量计）。因此，LD模型可以同时拟合所有研究样本，因此，我们的方法适用于大数据集。与现有的单倍型关联方法相比，我们的方法整合了相位不确定性，避免了指定单倍型的任意性，并且具有与单 SNP 分析相同的测试数量。我们将我们的方法应用于来自 Wellcome Trust 病例控制联盟的数据，发现了七个基因区域和五种疾病表型之间的八种新关联。其中，GRIK4 编码属于谷氨酸门控离子通道家族的蛋白质，与冠状动脉疾病和类风湿性关节炎密切相关。实现本文中描述的方法的软件包可以在 http://www.haplotype.org 上免费获得。
A novel haplotype association method is presented, and its power is demonstrated. Relying on a statistical model for linkage disequilibrium (LD), the method first infers ancestral haplotypes and their loadings at each marker for each individual. The loadings are then used to quantify local haplotype sharing between individuals at each marker. A statistical model was developed to link the local haplotype sharing and phenotypes to test for association. We devised a novel method to fit the LD model, reducing the complexity from putatively quadratic to linear (in the number of ancestral haplotypes). Therefore, the LD model can be fitted to all study samples simultaneously, and, consequently, our method is applicable to big data sets. Compared to existing haplotype association methods, our method integrated out phase uncertainty, avoided arbitrariness in specifying haplotypes, and had the same number of tests as the single-SNP analysis. We applied our method to data from the Wellcome Trust Case Control Consortium and discovered eight novel associations between seven gene regions and five disease phenotypes. Among these, GRIK4, which encodes a protein that belongs to the glutamate-gated ionic channel family, is strongly associated with both coronary artery disease and rheumatoid arthritis. A software package implementing methods described in this article is freely available at http://www.haplotype.org.
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Lin X
DOI：
10.1196/annals.1381.007
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