Deep sequencing of subseafloor eukaryotic rRNA reveals active Fungi across marine subsurface provinces.
Deep sequencing of subseafloor eukaryotic rRNA reveals active Fungi across marine subsurface provinces.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0056335
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Edgcomb V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Orsi W;Biddle JF;Edgcomb V
深海地下是微生物生命的广阔栖息地，细胞可以在地质时间尺度上生存。由于沉积物中的DNA可以在很长的时间尺度上被保存，因此核糖体RNA（rRNA）被认为是地下微生物群落活性部分的代表。在真核生物的18S rRNA的扩增焦磷酸测序的调查，真菌的独特配置文件被发现在一系列的海洋地下省份，包括山脊侧翼，大陆边缘，和深海平原。海底真菌种群与总有机碳（TOC）、硝酸盐、硫化物和溶解无机碳（DIC）具有统计学显著相关性。真菌rRNA的末端限制性长度多态性（TRFLP）分析支持这些相关性。与真菌焦磷酸测序和TRFLP数据从这个地理上广泛的样本集的地球化学相关性表明在海洋地下的活性真菌的环境选择。在同一数据集内，从0.03至270万年的海洋沉积物中的植物和硅藻中恢复了古老的rRNA特征，这表明来自某些真核生物类群的rRNA可能比以前认为的海洋地下生物稳定得多。
The deep marine subsurface is a vast habitat for microbial life where cells may live on geologic timescales. Because DNA in sediments may be preserved on long timescales, ribosomal RNA (rRNA) is suggested to be a proxy for the active fraction of a microbial community in the subsurface. During an investigation of eukaryotic 18S rRNA by amplicon pyrosequencing, unique profiles of Fungi were found across a range of marine subsurface provinces including ridge flanks, continental margins, and abyssal plains. Subseafloor fungal populations exhibit statistically significant correlations with total organic carbon (TOC), nitrate, sulfide, and dissolved inorganic carbon (DIC). These correlations are supported by terminal restriction length polymorphism (TRFLP) analyses of fungal rRNA. Geochemical correlations with fungal pyrosequencing and TRFLP data from this geographically broad sample set suggests environmental selection of active Fungi in the marine subsurface. Within the same dataset, ancient rRNA signatures were recovered from plants and diatoms in marine sediments ranging from 0.03 to 2.7 million years old, suggesting that rRNA from some eukaryotic taxa may be much more stable than previously considered in the marine subsurface.
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DOI：
10.1073/pnas.0600035103
发表时间：
2006-03-07
影响因子：
11.1
作者：
Biddle, JF;Lipp, JS;Hinrichs, KU
通讯作者：
Hinrichs, KU
影响因子：
4.4
作者：
Borneman, J;Hartin, RJ
通讯作者：
Hartin, RJ
影响因子：
56.9
作者：
D'Hondt, S;Jorgensen, BB;Acosta, JLS
通讯作者：
Acosta, JLS
DOI：
10.1016/s0022-0981(97)00200-1
发表时间：
1998-06-30
影响因子：
2
作者：
Douillet, P
通讯作者：
Douillet, P
影响因子：
5.1
作者：
Edgcomb, Virginia P.;Beaudoin, David;Teske, Andreas
通讯作者：
Teske, Andreas