Insights into the product release mechanism of dengue virus NS3 helicase.
Insights into the product release mechanism of dengue virus NS3 helicase.
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DOI：
10.1093/nar/gkac473
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发表时间：
2022-07-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kaufman, Sergio B.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Adler, Natalia S.;Cababie, Leila A.;Sarto, Carolina;Cavasotto, Claudio N.;Gebhard, Leopoldo G.;Estrin, Dario A.;Gamarnik, Andrea, V;Arrar, Mehrnoosh;Kaufman, Sergio B.
非结构蛋白3解旋酶(NS3h)是一种多功能蛋白质，在RNA复制和黄病毒生命周期的其他阶段起关键作用。NS3h利用ATP水解产生的能量沿单链核酸转移，并解开双链RNA。本文对登革病毒(DENV)NS3h催化循环的产物释放阶段进行了详细的机理分析。这项研究是基于产物抑制研究和自由能计算的实验和计算相结合的方法。我们的结果支持一个模型，在该模型中，ATP水解的催化循环通过一个有序的顺序机制进行，该机制包括一个三元络合物中间体(NS3h-PI-ADP)，它演化成释放第一个产物磷酸盐(PI)，然后释放ADP。我们的结果表明，在DENV NS3h的产物释放阶段，一种新的开环构象起着重要作用，该构象可能在其他黄病毒的NS3蛋白中也是保守的。
The non-structural protein 3 helicase (NS3h) is a multifunctional protein that is critical in RNA replication and other stages in the flavivirus life cycle. NS3h uses energy from ATP hydrolysis to translocate along single stranded nucleic acid and to unwind double stranded RNA. Here we present a detailed mechanistic analysis of the product release stage in the catalytic cycle of the dengue virus (DENV) NS3h. This study is based on a combined experimental and computational approach of product-inhibition studies and free energy calculations. Our results support a model in which the catalytic cycle of ATP hydrolysis proceeds through an ordered sequential mechanism that includes a ternary complex intermediate (NS3h-Pi-ADP), which evolves releasing the first product, phosphate (Pi), and subsequently ADP. Our results indicate that in the product release stage of the DENV NS3h a novel open-loop conformation plays an important role that may be conserved in NS3 proteins of other flaviviruses as well.
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影响因子：
3.7
作者：
Incicco JJ;Gebhard LG;González-Lebrero RM;Gamarnik AV;Kaufman SB
通讯作者：
Kaufman SB
影响因子：
14.9
作者：
Cavaluzzi, MJ;Borer, PN
通讯作者：
Borer, PN
影响因子：
3
作者：
Arrar, Mehrnoosh;Martin Boubeta, Fernando;Rodriguez, Daniela
通讯作者：
Rodriguez, Daniela
影响因子：
4.8
作者：
Chernov, Andrei V.;Shiryaev, Sergey A.;Strongin, Alex Y.
通讯作者：
Strongin, Alex Y.
影响因子：
3.4
作者：
SCHWARZBAUM, PJ;KAUFMAN, SB;GARRAHAN, PJ
通讯作者：
GARRAHAN, PJ