Depletion of Myofibril-Associated Proteins Using Selective Protein Extraction as a Tool in Cardiac Proteomics.
Depletion of Myofibril-Associated Proteins Using Selective Protein Extraction as a Tool in Cardiac Proteomics.
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使用选择性蛋白质提取作为心脏蛋白质组学工具来消耗肌原纤维相关蛋白质。
DOI：
10.1007/7651_2017_73
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Treumann A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Treumann A
肌肉组织对蛋白质组学分析提出了特别的挑战，这是由于肌营养相关蛋白的显性表达引起的非常广泛的蛋白质丰度。我们通过描述用液相色谱-质谱法（LC-MS）和所有理论质谱的连续窗口采集（SWATH）对在两种均质化缓冲液中制备的豚鼠心脏组织进行蛋白质组学分析来解决这个问题：（1）基于SDS的缓冲液，其设计用于提取“所有”组织蛋白质;和（2）长期建立的含有EDTA的缓冲液，其被认为优先提取非肌原纤维相关蛋白质。我们使用基于基因本体（GO）注释的亚细胞定位评估来指示这些富集的蛋白质是否聚集在细胞质或细胞器内腔中。这种技术的结果在优先定量的丰富的非肌原纤维蛋白，并为今后的研究，提供了机会，更完整的分析心脏组织蛋白质表达的变化与生物环境。
Muscle tissue poses a particular challenge to proteomic analysis due to a very wide range of protein abundances arising from the dominant expression of myofilament-related proteins. We address this issue by describing proteomic analysis with liquid chromatography–mass spectrometry (LC-MS) and sequential window acquisition of all theoretical mass spectra (SWATH), of guinea pig cardiac tissue prepared in two homogenization buffers: (1) An SDS-based buffer designed to extract “all” tissue proteins and (2) a long-established EDTA-containing buffer thought to preferentially extract non-myofibril-related proteins. We use gene ontology (GO) annotation-based assessment of subcellular localization to indicate if these enriched proteins congregate in the cytoplasm or in organellar lumens. This technique results in the preferential quantitation of less abundant non-myofibrillar proteins and, for future studies, offers the opportunity for more complete analyses of changes in heart tissue protein expression with biological circumstance.
DOI：
10.1016/s0021-9258(19)52288-8
发表时间：
1955-09
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
E. Krebs;E. Fischer
通讯作者：
E. Krebs;E. Fischer
影响因子：
2.9
作者：
P. Cohen;T. Duewer;E. Fischer
通讯作者：
E. Fischer
影响因子：
14.9
作者：
Szklarczyk D;Franceschini A;Wyder S;Forslund K;Heller D;Huerta-Cepas J;Simonovic M;Roth A;Santos A;Tsafou KP;Kuhn M;Bork P;Jensen LJ;von Mering C
通讯作者：
von Mering C