inGAP: an integrated next-generation genome analysis pipeline.
inGAP: an integrated next-generation genome analysis pipeline.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp615
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发表时间：
2010-01-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Schuster SC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Qi J;Zhao F;Buboltz A;Schuster SC
总结：我们开发了一种新的挖掘管道，集成下一代基因组分析管道（inGAP），由贝叶斯原理指导，通过将高通量焦磷酸测序读数与相关生物体的参考基因组进行比较来检测单核苷酸多态性（SNP），插入/缺失（indels）。inGAP可以应用于Roche/454和Illumina读数的映射，而没有读数长度的限制。模拟和实验数据的实验表明，该管道可以达到97%的SNP检测和94%的indel发现的整体准确率。所有检测到的SNP/indel都可以通过我们管道中的图形编辑器进行进一步评估。inGAP还提供了多基因组比较和细菌基因组组装辅助功能。可用性：inGAP可在www.example.com上获得联系：scs@bx.psu.edu补充信息：补充数据可在生物信息学在线上获得。http://sites.google.com/site/nextgengenomics/ingap
Summary: We develop a novel mining pipeline, Integrative Next-generation Genome Analysis Pipeline (inGAP), guided by a Bayesian principle to detect single nucleotide polymorphisms (SNPs), insertion/deletions (indels) by comparing high-throughput pyrosequencing reads with a reference genome of related organisms. inGAP can be applied to the mapping of both Roche/454 and Illumina reads with no restriction of read length. Experiments on simulated and experimental data show that this pipeline can achieve overall 97% accuracy in SNP detection and 94% in the finding of indels. All the detected SNPs/indels can be further evaluated by a graphical editor in our pipeline. inGAP also provides functions of multiple genomes comparison and assistance of bacterial genome assembly. Availability: inGAP is available at http://sites.google.com/site/nextgengenomics/ingap Contact: scs@bx.psu.edu Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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