Optimized high-throughput screen for hepatitis C virus translation inhibitors.
Optimized high-throughput screen for hepatitis C virus translation inhibitors.
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DOI：
10.1177/1087057110391665
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发表时间：
2011-02
影响因子：
--
通讯作者：
Shih IH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Berry KE;Peng B;Koditek D;Beeman D;Pagratis N;Perry JK;Parrish J;Zhong W;Doudna JA;Shih IH
丙型肝炎病毒（HCV）是一个相当大的全球性健康问题，需要新的治疗方法。我们开发了一种高通量检测方法来鉴定选择性阻断HCV内部核糖体进入位点（HCV IRES）翻译起始的化合物。优化兔网织红细胞裂解物条件，以忠实地报告相对于5′加帽mRNA对照的真实HCV IRES依赖性翻译。我们筛选了约430，000个IRES抑制小分子的文库，导致约1，700个初始命中。在二次反筛选后，绝大多数命中被证明是荧光素酶和一般翻译抑制剂。尽管在体外翻译条件优化良好，但最终我们没有发现选择性HCV IRES抑制剂，但确实发现了一种新的通用翻译抑制剂支架。对这些分子的分析，以及发现大部分假阳性是由脱靶效应引起的，突出了筛选RNA特异性抑制剂所固有的挑战。
Hepatitis C virus (HCV) is a considerable global health problem for which new classes of therapeutics are needed. We developed a high-throughput assay to identify compounds that selectively block translation initiation from the HCV internal ribosome entry site (HCV IRES). Rabbit reticulocyte lysate conditions were optimized to faithfully report on authentic HCV IRES-dependent translation relative to a 5′ capped mRNA control. We screened a library of ~430,000 small molecules for IRES inhibition, leading to ~1,700 initial hits. After secondary counter screening the vast majority of hits proved to be luciferase and general translation inhibitors. Despite well-optimized in vitro translation conditions, in the end we found no selective HCV IRES inhibitors but did discover a new scaffold of general translation inhibitor. The analysis of these molecules, and the finding that a large fraction of false positives resulted from off-target effects, highlights the challenges inherent in screens for RNA-specific inhibitors.
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